借款由第三方开保函是合法的。在债权债务关系中，第三方开具保函是一种常见的担保方式，旨在增强债权人对债务人履行债务的信心。以下是对这一问题的详细分析：

一、保函的法律性质

保函，又称保证书，是由保证人（通常是第三方）向债权人出具的，承诺在债务人不能履行债务时，由保证人按照保函的约定承担保证责任的书面文件。保函具有法律效力，是保证人与债权人之间权利义务关系的法律依据。

二、第三方开保函的合法性

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定由第三人向债权人提供保证，以担保债务的履行。因此，第三方开保函具有明确的法律依据。
2. 实践应用：在商业实践中，第三方开保函被广泛应用于各种债权债务关系中，如借款合同、贸易合同等。这种担保方式有助于增强债权人的信心，促进交易的顺利进行。

三、第三方开保函的注意事项

1. 保函内容：保函应明确保证的范围、期限、方式等条款，以确保保证人与债权人之间的权利义务关系清晰明确。
2. 保证人资格：保证人应具备相应的偿债能力，以确保在债务人不能履行债务时，保证人能够按照保函的约定承担保证责任。
3. 法律责任：如果保证人未按照保函的约定履行保证责任，将承担相应的法律责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。

综上所述，借款由第三方开保函是合法的，且在实践中具有广泛的应用。然而，在签订保函时，当事人应当谨慎约定相关条款，并确保保证人的资格和偿债能力，以确保自身权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。