针对农村自建房未完工擅自使用的处罚问题，结论前置：处罚措施主要依据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，具体包括责令退还非法占用土地、限期拆除或没收建筑物、罚款，以及可能的行政处分或刑事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、非法占用土地的法律责任
责令退还与拆除：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
- 若违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地，且房屋未完工即擅自使用，相关部门将限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。
没收与罚款：
- 对于符合土地利用总体规划但未经批准建设的，相关部门将没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。罚款的具体数额或计算方法可能依据地方性法规或规章确定。
行政处分与刑事责任：
- 对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
- 若非法占用土地行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，将依法追究刑事责任。
二、农村自建房未完工擅自使用的具体情形与处理
擅自改变土地用途：
- 若农村自建房原计划用于农业用途，但擅自改变为居住用途，且未办理相关审批手续，将按照上述法律规定进行处理。
未办理农用地转用审批：
- 依据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条，建设占用土地，涉及农用地转为建设用地的，应当办理农用地转用审批手续。若未办理该手续而在农用地上进行建设，即使房屋未完工，也将被视为违建并受到相应处理。
超出规定面积或标准建设：
- 即使办理了农用地转用审批手续，但若建设面积超出规定或建设标准不符合要求，超出部分仍将被视为违建。对于未完工即擅自使用的部分，相关部门将要求停止使用，并可能要求拆除或没收超出部分。
三、预防与合规建议
加强法律宣传与培训：
- 提高农村自建房使用者的法律意识，明确告知其违法建设的后果与责任，引导其合规使用土地和进行建设。
严格审批与监管：
- 相关部门应加强对农村自建房转用审批的审查与监管，确保每宗用地都符合土地利用总体规划和相关法律法规要求。对于未完工即擅自使用的行为，应及时发现并制止。
建立举报与查处机制：
- 鼓励公众对农村自建房违建行为进行举报，并建立健全查处机制。对举报线索进行及时核查与处理，对违法建设行为进行严厉打击与处罚。
总结来说，农村自建房未完工擅自使用的处罚措施主要依据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，包括责令退还非法占用土地、限期拆除或没收建筑物、罚款，以及可能的行政处分或刑事责任。为避免此类处罚，建议农村自建房使用者加强法律意识，严格遵守相关法律法规和审批程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。