在商标侵权多元调解达成和解的情况下，通常建议先签订和解协议，明确双方的权利义务后，再按照协议约定支付款项。以下从不同角度为你详细分析：

法律程序与风险防控角度

1. 签订协议的必要性：和解协议是双方就商标侵权纠纷达成和解的书面文件，它详细记录了双方的权利义务，包括赔偿金额、支付方式、支付时间、违约责任等重要内容。签订和解协议可以明确双方的法律关系，避免后续因口头约定不明确而产生的争议。例如，如果双方仅口头约定赔偿金额和支付时间，没有书面协议，一旦一方反悔或不履行承诺，另一方将难以证明双方的真实约定，从而增加维权难度。
2. 支付款项的风险：如果在没有签订和解协议的情况下先支付款项，可能会面临对方不承认和解约定、拒绝履行其他义务（如停止侵权行为、公开道歉等）的风险。而签订协议后，如果对方不履行协议约定的义务，你可以依据协议向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任，保障自己的合法权益。

实际操作角度

1. 协议签订流程：在多元调解过程中，调解员会协助双方起草和解协议，确保协议内容合法、合理、明确。双方在仔细阅读并理解协议内容后，签字确认，协议即生效。协议签订后，你可以根据协议约定的支付方式和时间，向对方支付赔偿款项。
2. 支付方式与时间：和解协议中通常会明确支付方式（如银行转账、现金支付等）和支付时间（如一次性支付、分期支付等）。按照协议约定的方式和时间支付款项，可以避免因支付问题产生的纠纷。例如，如果协议约定分期支付，你需要按照约定的时间和金额按时支付，否则可能构成违约，需要承担相应的违约责任。

特殊情况处理

1. 对方要求先支付部分款项：在某些情况下，对方可能出于自身考虑，要求你先支付部分款项作为诚意金或预付款。在这种情况下，你可以要求对方在收到款项后出具收据，并在和解协议中明确约定该部分款项的性质和用途，以及后续支付剩余款项的条件和时间。这样可以保障你的资金安全，避免因对方违约而遭受损失。
2. 对方不履行协议义务：如果对方在收到款项后不履行协议约定的义务，如继续实施侵权行为、拒绝公开道歉等，你可以依据协议向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任。在诉讼过程中，你需要提供和解协议、支付凭证等证据，证明对方违约的事实和自己的损失情况。

建议：在商标侵权多元调解达成和解时，务必先签订和解协议，明确双方的权利义务后，再按照协议约定支付款项。如果遇到特殊情况或疑问，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。