手机被扣押而电话卡归还的问题，其严重性取决于具体案件情况和法律程序，不能一概而论，但总体来说，若程序合法合规，则问题通常不大；若存在程序瑕疵或违法行为，则可能引发一系列法律后果。以下从不同角度进行分析：

一、程序合法合规的情况

1. 扣押程序合法：如果手机作为证据被依法扣押，而电话卡因与案件无直接关联或出于必要通信需求（如保持基本生活联系）而被归还，这一行为通常是合法的。在此情况下，电话卡的归还不会对案件的侦查、起诉或审判产生负面影响，因此问题不大。

2. 归还程序合规：电话卡的归还应当遵循一定的程序，如由办案机关出具归还决定书，并通知当事人或其家属领取。如果归还程序合规，且当事人或其家属对归还行为无异议，那么这一行为也是合法的，不会引发法律问题。

二、程序存在瑕疵或违法行为的情况

1. 扣押程序违法：如果手机被非法扣押，如未经法定程序、超出法定范围或期限等，那么电话卡的归还也可能受到影响。在此情况下，即使电话卡被归还，也可能因扣押程序的违法性而引发一系列法律后果，如当事人有权要求办案机关赔偿损失、申请国家赔偿等。

2. 归还程序不当：如果电话卡的归还程序存在瑕疵，如未出具归还决定书、未通知当事人或其家属等，也可能引发法律纠纷。当事人或其家属有权要求办案机关补正程序、说明情况或承担相应的法律责任。

三、可能引发的法律后果

1. 证据效力问题：如果电话卡中存储有与案件相关的信息或数据，且因归还行为导致这些信息或数据丢失、损坏或被篡改，那么可能影响相关证据的效力，进而对案件的侦查、起诉或审判产生不利影响。

2. 当事人权益受损：如果电话卡的归还行为导致当事人权益受损，如因无法及时使用电话卡而错过重要信息、遭受经济损失等，那么当事人有权要求办案机关承担相应的赔偿责任。

四、建议与措施

1. 了解扣押与归还程序：当事人或其家属应当了解手机扣押与电话卡归还的相关法律程序，确保自己的权益不受侵害。

2. 保留相关证据：如果认为扣押或归还行为存在违法或不当之处，应当及时保留相关证据，如扣押决定书、归还决定书、通信记录等，以便后续维权。

3. 寻求法律帮助：如果遇到法律问题或纠纷，建议及时向我咨询，以便获得专业的法律建议和帮助。

总结来说，手机被扣押而电话卡归还的问题，其严重性取决于具体案件情况和法律程序。在程序合法合规的情况下，问题通常不大；但如果存在程序瑕疵或违法行为，则可能引发一系列法律后果。因此，建议当事人或其家属在遇到此类问题时，及时了解相关法律程序，保留相关证据，并寻求专业的法律帮助。