房地产商从开发的商品房中留下一套自住，在符合相关法律法规和规划条件的情况下，是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规角度
《城市房地产管理法》等相关法规：这些法规主要规范了房地产开发、销售、交易等环节，但并未明确禁止房地产商自留商品房用于自住。只要房地产商在开发过程中遵守了相关法律法规，如取得了合法的土地使用权、规划许可证、施工许可证等，并且按照规划条件进行建设，那么其自留一套商品房用于自住并不违反法律规定。
产权登记与转移：房地产商在商品房建成后，需要按照相关规定进行产权登记。如果其自留的商品房已经完成了产权登记，并且产权清晰无争议，那么其对该套商品房享有合法的所有权，可以用于自住。
二、规划条件角度
规划许可：房地产商在开发商品房时，需要取得规划部门的许可，并按照规划条件进行建设。如果规划条件中并未明确禁止房地产商自留商品房用于自住，或者房地产商在申请规划许可时已经明确提出了自留需求并得到了批准，那么其自留一套商品房用于自住是符合规划条件的。
配套设施与比例：在某些情况下，规划部门可能会要求房地产商在开发过程中按照一定比例建设配套设施或自留部分商品房用于特定用途（如公共租赁住房等）。但如果规划条件中并未对此有明确要求，或者房地产商已经按照要求完成了配套设施建设并满足了相关比例要求，那么其自留一套商品房用于自住并不违反规划条件。
三、实际操作角度
合同约定：在商品房销售过程中，房地产商通常会与购房者签订购房合同。如果合同中并未明确禁止房地产商自留商品房用于自住，或者房地产商在合同中已经明确告知了购房者其自留需求并得到了购房者的认可，那么其自留一套商品房用于自住并不违反合同约定。
市场惯例与公平性：在房地产市场中，房地产商自留部分商品房用于自住或出租等情况并不罕见。只要这种自留行为不损害购房者的合法权益（如通过不正当手段操纵房价、隐瞒重要信息等），并且符合市场惯例和公平性原则，那么其自留一套商品房用于自住是可以被接受的。
四、可能存在的风险与注意事项
虽然房地产商自留一套商品房用于自住在符合相关法律法规和规划条件的情况下是合法的，但也需要注意以下风险与事项：
产权纠纷：确保自留的商品房产权清晰无争议，避免因产权问题引发纠纷。
合规性审查：在自留商品房前，应仔细审查相关法律法规和规划条件，确保自留行为符合规定。
信息披露：如果房地产商在销售过程中未明确告知购房者其自留需求，可能会引发购房者的不满和投诉。因此，建议在销售过程中充分披露相关信息，确保购房者的知情权。
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