针对您提出的“员工的罚款店长怎么处理”这一问题，我们需要从法律框架、企业规章制度以及实际操作三个层面来详细解答。

一、法律框架层面

首先，必须明确的是，企业无权随意对员工进行罚款。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，罚款属于行政处罚范畴，只有具有行政处罚权的行政机关以及法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织才能实施。自《企业职工奖惩条例》于2008年废止后，企业对员工的罚款已失去法律依据。因此，任何企业规章制度或决定中包含罚款事项的，均属违法，不得作为企业劳动惩戒的依据。

二、企业规章制度层面

尽管企业无权罚款，但企业有权制定合理的规章制度来管理员工行为。这些规章制度应当：

1. 内容合法：不得违反法律法规的强制性规定。
2. 程序合法：需经过与工会或职工平等协商、公示或告知职工等民主制定程序。
3. 合理适度：对员工行为的惩戒应当与违规行为的性质、情节及后果相适应，不得过度惩戒。

对于员工违规行为，企业可以采取的合法管理措施包括但不限于：警告、记过、降职、降薪、解除劳动合同等，但不应包含罚款。

三、实际操作层面

作为店长，在处理员工违规行为时，应当：

1. 核实事实：首先确认员工是否存在违规行为，以及违规行为的性质和情节。
2. 依据制度：根据企业合法的规章制度，确定对员工的处理措施。
3. 沟通教育：与员工进行沟通，指出其违规行为，并教育其遵守规章制度。
4. 执行处理：按照规章制度执行处理措施，如警告、记过等，并记录在案。
5. 避免罚款：切记不可对员工进行罚款，以免触犯法律。

具体建议

• 完善规章制度：确保企业规章制度内容合法、程序合法，并明确员工违规行为的处理措施。
• 加强培训教育：定期对员工进行规章制度培训，提高员工遵守规章制度的意识。
• 建立沟通机制：建立员工与管理层之间的沟通机制，及时解决员工问题，减少违规行为的发生。
• 依法处理违规：在处理员工违规行为时，务必依法依规进行，避免使用非法手段如罚款。

综上所述，店长在处理员工违规行为时，应当遵循法律法规和企业规章制度，采取合法、合理、适度的管理措施，避免使用罚款等非法手段。