合作商家在拦截货物的情况下是否还合法收取运费，这主要取决于双方合同中的具体约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果双方在合同中明确约定了，在特定情况下（如货物被拦截）商家仍有权收取运费，那么商家按照合同约定收取运费是合法的。
- 反之，如果合同中明确约定了货物被拦截时商家不得收取运费，那么商家收取运费则构成违约，需要承担相应的违约责任。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有对货物被拦截时运费的收取问题作出明确约定，那么双方需要依据相关法律法规和行业惯例进行协商解决。
二、法律法规角度
《中华人民共和国民法典》相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，当事人应当按照约定履行自己的义务。如果合同中没有约定或者约定不明确，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
- 在货物买卖合同中，如果货物因商家原因被拦截（如商家违约、违法等），导致买方无法取得货物，那么商家通常无权要求买方支付运费，因为商家未履行其交付货物的义务。
- 如果货物被拦截是由于不可抗力、买方原因等非商家责任导致，那么商家可能仍有权按照合同约定或行业惯例收取运费。
行业惯例与公平原则：
- 在没有合同约定或法律规定的情况下，行业惯例和公平原则也是判断商家收取运费是否合法的重要依据。如果行业惯例或公平原则认为商家在货物被拦截时不应收取运费，那么商家收取运费可能被视为不合法。
三、实际操作建议
审查合同条款：
- 首先，双方应仔细审查合同条款，特别是关于运费收取和货物交付的约定，以确定商家在货物被拦截时是否有权收取运费。
协商解决：
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，双方应友好协商，寻求合理的解决方案。可以考虑根据货物被拦截的原因、双方的责任大小等因素进行协商。
寻求法律途径：
- 如果协商无果，双方可以寻求法律途径解决争议。可以咨询专业律师（如我），了解相关法律法规和行业惯例，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，合作商家在拦截货物的情况下是否还合法收取运费，需要依据合同约定、相关法律法规以及行业惯例进行综合判断。如果双方对此存在争议，建议首先审查合同条款并尝试协商解决；如果协商无果，可以寻求法律途径解决争议。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。