结论：男性结扎两年后女方仍怀孕，是否可以起诉医院需根据具体情况判断，若医院存在过错且该过错与怀孕结果有因果关系，则可以起诉；若医院无过错或过错与怀孕无因果关系，则起诉可能难以得到支持。以下从不同角度详细分析：
一、医疗过错与因果关系是关键
医疗过错：
- 男性结扎手术，医学上称为输精管结扎术，是一种永久性避孕方式。手术本身存在一定风险，如结扎线脱落、输精管再通等，这些情况可能导致手术失败，即精子仍能通过输精管进入精液，从而引发怀孕。
- 若医院在手术过程中存在操作不当、未充分告知手术风险等过错，且这些过错直接导致了手术失败和女方怀孕，那么医院可能需承担相应的法律责任。
因果关系：
- 即使医院存在过错，也需证明该过错与女方怀孕之间存在直接的因果关系。例如，若结扎线脱落是由于医院手术操作不当导致，且脱落后精子能够正常排出，从而引发怀孕，那么医院过错与怀孕之间即存在因果关系。
- 若女方怀孕是由于其他原因，如男方在手术后未遵循医嘱进行复查、女方同时存在其他生育能力等，且这些原因与医院手术无直接关联，那么医院可能无需承担法律责任。
二、起诉医院的法律程序与要点
收集证据：
- 若认为医院存在过错，首先需收集相关证据，如手术记录、复查报告、医学鉴定意见等，以证明医院在手术过程中存在操作不当或未充分告知风险等过错。
- 同时，需收集女方怀孕的相关证据，如怀孕诊断证明、胎儿亲子鉴定报告等，以证明怀孕事实与医院手术之间的关联性。
提起诉讼：
- 在收集到充分证据后，可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求医院承担相应的法律责任。
- 诉讼过程中，需明确诉讼请求，如要求医院赔偿因手术失败导致的经济损失、精神损害抚慰金等。
法律适用：
- 诉讼过程中，将依据《中华人民共和国民法典》中关于医疗损害责任的相关规定进行审理。根据法律规定，若医院在诊疗活动中存在过错，且该过错与患者损害之间存在因果关系，医院需承担赔偿责任。
三、可能面临的法律后果与建议
法律后果：
- 若法院认定医院存在过错且该过错与女方怀孕之间存在因果关系，医院可能需承担赔偿责任，包括赔偿经济损失、精神损害抚慰金等。
- 若法院认定医院无过错或过错与女方怀孕之间无因果关系，则医院无需承担赔偿责任。
建议：
- 在考虑起诉医院前，建议先与医院进行协商沟通，尝试通过协商解决纠纷。
- 若协商无果，再考虑通过法律途径解决。在提起诉讼前，建议咨询专业律师，以获取更详细的法律建议和指导。
总结来说，男性结扎两年后女方仍怀孕，是否可以起诉医院需根据具体情况判断。若医院存在过错且该过错与怀孕结果有因果关系，则可以起诉；反之，则起诉可能难以得到支持。在处理此类纠纷时，建议收集充分证据并咨询专业律师以获取更详细的法律建议。