关于医院收回村卫生室《医疗机构执业许可证》是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要依据具体情况和相关法律法规来综合分析。

首先，我们要明确的是，《医疗机构执业许可证》是医疗机构合法开展诊疗活动的法定凭证。其注销、收回或吊销等行为，都必须严格依照相关法律法规进行。

一、合法收回的情况

1. 村卫生室主动申请注销：如果村卫生室因个人原因或客观因素（如人员流失、设备老化、业务调整等）不再继续经营，可以主动向卫生行政部门申请注销其《医疗机构执业许可证》。在这种情况下，医院（或更准确地说是卫生行政部门）收回许可证是合法的，且通常会有相应的公告程序。

2. 村卫生室违反法律法规：如果村卫生室在执业过程中违反了《医疗机构管理条例》等相关法律法规，如超出核准登记范围开展执业活动、聘用非卫生技术人员、出卖转让出借许可证等，卫生行政部门有权依法对其进行处罚，包括吊销或收回其《医疗机构执业许可证》。

3. 许可证有效期届满未延续：如果《医疗机构执业许可证》的有效期届满，且村卫生室未按照规定申请延续或申请未获批准，卫生行政部门也有权收回其许可证。

二、不合法收回的情况

如果医院（或卫生行政部门）在没有合法依据的情况下，擅自收回村卫生室的《医疗机构执业许可证》，如因个人恩怨、地方保护主义或其他不正当原因，这种行为就是不合法的。村卫生室有权依法维护自己的合法权益，包括申请行政复议或提起行政诉讼。

三、具体操作与程序

在实际操作中，无论是合法收回还是注销《医疗机构执业许可证》，卫生行政部门都需要遵循严格的程序。这通常包括：

• 调查取证：对村卫生室的执业情况进行全面调查，收集相关证据。
• 告知权利：告知村卫生室其享有的陈述、申辩等权利。
• 作出决定：根据调查结果和法律法规，作出是否收回或注销许可证的决定。
• 公告送达：将决定公告送达给村卫生室，并告知其救济途径。

四、建议

如果您或您所在的村卫生室遇到了《医疗机构执业许可证》被收回的情况，且认为这一行为不合法，建议您：

• 仔细查阅相关法律法规，了解自己的权利和义务。
• 与卫生行政部门进行沟通，了解收回许可证的具体原因和依据。
• 如果认为自己的权益受到了侵害，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。

综上所述，医院（或卫生行政部门）收回村卫生室《医疗机构执业许可证》是否合法，取决于具体情况和相关法律法规的遵循情况。