公司只有在员工迟到且公司规章制度明确规定迟到扣工资，同时该规章制度合法有效的情况下，才能扣除员工因迟到对应的工资部分，但扣除标准需严格遵守法律法规限制。以下是对这一问题的详细分析：

一、公司规章制度需合法有效

1. 制定程序合法：公司的规章制度必须依法制定，通常需要经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
2. 内容合法：规章制度的内容不得违反法律、法规的规定，比如不能规定“迟到一次扣全部工资”等明显不合理的条款。
3. 公示或告知员工：规章制度制定后，公司需要公示或告知员工，确保员工知晓并理解其中的内容。

二、迟到扣工资的具体情形与标准

1. 情形：员工迟到，且公司的规章制度中明确规定了迟到扣工资的条款。
2. 扣除标准：
   • 一般限制：即使规章制度中有规定，公司扣除员工因迟到对应的工资部分时，每月扣除的部分也不得超过员工当月工资的20%。这是为了保护员工的合法权益，防止公司过度克扣工资。
   • 最低工资保障：扣除后，员工的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是法律对员工基本生活保障的底线要求。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确记录与证据：公司需要准确记录员工的迟到情况，包括迟到的时间、次数等，并保留相关证据，如考勤记录、监控录像等，以备在需要时提供证明。
2. 及时告知与沟通：在扣除工资前，公司应明确告知员工扣除的原因、标准和依据，确保员工知情并理解。同时，公司也可以与员工进行沟通，了解迟到的原因，并尝试通过其他方式解决问题，如调整工作时间、提供交通补贴等。
3. 遵守法律法规：公司在扣除工资时，必须严格遵守相关法律法规和规章制度，确保扣除行为的合法性和合理性。如果公司违反规定扣除工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

四、法律后果

如果公司违反规定扣除员工工资，将可能面临以下法律后果：

1. 补发工资与赔偿：公司需要补发被扣除的工资，并可能需要根据员工的损失情况支付赔偿金。
2. 行政处罚：劳动监察部门可以对公司进行行政处罚，如罚款、责令改正等。
3. 声誉损害：公司的违法行为还可能对其声誉造成损害，影响公司的形象和业务发展。

温馨提示：作为员工，如果遇到公司无故或违法扣除工资的情况，可以及时向公司提出异议，并保留好相关证据。如果公司不予理会或处理不当，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。