刑事案件立案时确定有犯罪事实，主要依据的是初步收集的证据和线索，这些证据和线索需达到一定的证明标准，以表明存在犯罪行为且需要追究刑事责任。以下从多个角度详细阐述：

一、立案的法律依据与原则

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，立案是刑事诉讼程序的一个起始环节。当公安机关、人民检察院或人民法院接收到报案、控告、举报或自首的材料后，会按照管辖范围对这些材料进行审查。如果认为存在犯罪事实且需要追究刑事责任，就会决定将其作为刑事案件进行进一步的侦查或审判。这一步骤标志着案件正式进入了法律程序，但仅仅是一个开始，它仅表明司法机关根据初步线索和证据认为有犯罪嫌疑，值得进一步调查。

二、立案时确定有犯罪事实的标准

1. 证据初步收集与审查：

   • 立案时，司法机关会初步收集与案件相关的证据，如物证、书证、证人证言等。
   • 这些证据需要初步表明存在犯罪行为，如现场遗留的凶器、被盗的财物、目击者的陈述等。
   • 证据之间需要形成一定的关联性，能够初步指向犯罪嫌疑人或犯罪行为。

2. 犯罪事实的存在性：

   • 立案时，需要确认有犯罪事实发生，即存在违反刑法规定的行为。
   • 这种犯罪事实可以是已经发生的，也可以是正在发生的，但必须是客观存在的，而非主观臆断或猜测。

3. 需要追究刑事责任：

   • 立案不仅要求有犯罪事实，还要求这种犯罪事实需要追究刑事责任。
   • 如果犯罪行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，或者犯罪嫌疑人已经死亡、超过追诉时效期限等，则不会立案。

三、立案后进一步查明犯罪事实的过程

立案只是刑事诉讼程序的开始，要最终认定犯罪事实并追究刑事责任，还需要经过一系列严格且复杂的诉讼程序：

1. 侦查阶段：

   • 公安机关会全面收集证据，确定犯罪嫌疑人。
   • 通过讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验、检查、搜查、扣押物证、书证等方式，进一步查明犯罪事实。

2. 审查起诉阶段：

   • 人民检察院会对侦查终结并移送起诉的案件进行仔细审查。
   • 审查证据是否确实、充分，犯罪事实是否清楚，是否需要追究刑事责任等。
   • 如果认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，将向人民法院提起公诉。

3. 审判阶段：

   • 人民法院会对案件进行审理，根据控辩双方提供的证据和辩论情况，对犯罪事实进行最终认定。
   • 只有在犯罪事实清楚，证据确实、充分的情况下，才能对被告人作出有罪判决。

四、立案与认定有罪的区别

必须明确的是，立案并不等同于认定有罪。立案只是启动了追究犯罪的程序，它并不具有认定有罪的法律效力。要认定一个人有罪，必须经过严格的诉讼程序，满足严格的证明标准和法律规定。因此，在实际操作中，我们应避免对立案和有罪判决产生误解或混淆。

总结来说，刑事案件立案时确定有犯罪事实，是依据初步收集的证据和线索，这些证据和线索需初步表明存在犯罪行为且需要追究刑事责任。但立案只是刑事诉讼程序的开始，要最终认定犯罪事实并追究刑事责任，还需要经过侦查、审查起诉和审判等多个环节。如果您在刑事案件方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。