结论：公司账目出错，对方少打几十万，隔了十多年后能否要回，这主要取决于是否超过了诉讼时效以及能否提供充分证据证明对方确实少打了款项。以下从这两个方面进行详细分析：
一、诉讼时效问题
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间一般为三年。这意味着，在正常情况下，如果公司发现账目出错，对方少打了款项，应当在三年内提起诉讼或采取其他法律措施来维护自己的权益。
最长诉讼时效：
- 然而，民法典也规定了最长诉讼时效，即自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。但这一规定通常适用于权利人不知道或不应知道其权利受到损害的情况。
- 在您的情况下，如果公司已经知道或应当知道账目出错，对方少打了款项，那么最长诉讼时效可能并不适用，或者即使适用，也可能因为已经超过了正常的三年诉讼时效而面临不利后果。
诉讼时效的中断与中止：
- 诉讼时效并非绝对不可变。在某些情况下，如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等，诉讼时效可以中断并重新计算。
- 如果存在不可抗力或其他正当理由导致权利人无法行使请求权，诉讼时效可以中止，并在中止事由消除后继续计算。
- 但您提到的情况已经隔了十多年，除非有明确的证据证明诉讼时效在此期间内发生了中断或中止，否则很难再主张权利。
二、证据问题
证据的重要性：
- 在法律纠纷中，证据是决定胜负的关键。如果公司想要追回对方少打的款项，必须提供充分的证据证明对方确实少打了款项，以及公司因此遭受了损失。
证据的收集与保存：
- 证据可能包括转账记录、合同、发票、对账单等。公司应当妥善保存这些证据，并在发现账目出错后及时收集和整理。
- 如果证据已经丢失或损坏，公司可能需要通过其他途径来证明对方少打了款项，如通过证人证言、鉴定意见等。但这些证据的证明力可能相对较弱，且难以获取。
证据的时效性：
- 即使公司能够提供证据证明对方少打了款项，但如果这些证据已经超过了其应有的时效性（如某些财务记录的保存期限），那么这些证据可能无法被法院采纳。
建议
尽快咨询专业律师：
- 鉴于您的情况已经隔了十多年，且涉及诉讼时效和证据问题，建议您尽快咨询专业律师，以便更准确地评估您的权益和可能的法律后果。
尝试协商解决：
- 在提起诉讼之前，您可以尝试与对方进行协商，看是否能够达成和解协议并追回部分或全部款项。这可能是一种更快速、更经济的解决方式。
准备充分证据：
- 如果您决定提起诉讼，请务必准备充分的证据来支持您的主张。这可能需要您花费一定的时间和精力来收集和整理相关证据。
如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。