父亲将土地赠与女儿用于建房的协议，在符合法律规定且办理相关手续的情况下是有效的。以下从多个角度进行分析：

1. 协议的法律性质

   • 土地赠与协议属于民事合同的一种，根据《民法典》的规定，赠与合同是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受赠与的合同。因此，父亲作为赠与人，女儿作为受赠人，双方达成一致意见并签订书面协议，该协议在法律上是具有效力的。

2. 土地赠与的特殊性

   • 土地作为不动产，其赠与不仅涉及合同法的规定，还涉及土地管理法的相关规定。根据《土地管理法》的规定，土地使用权可以依法转让、出租、抵押和继承，但土地所有权的转让是受到严格限制的，通常只有国家才能征用或收回土地。因此，在土地赠与协议中，父亲赠与的应该是土地使用权，而非土地所有权。
   • 如果土地是农村集体所有的土地，那么赠与协议还需要符合农村土地承包法等相关法律法规的规定，确保赠与行为不违反集体利益和法律法规的强制性规定。

3. 协议的有效条件

   • 双方意思表示真实：父亲和女儿在签订赠与协议时，必须都是出于真实的意思表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。
   • 协议内容合法：赠与协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗和法律法规的强制性规定。
   • 办理相关手续：根据土地管理法的规定，土地使用权的转让需要办理相关的登记手续。因此，在签订赠与协议后，双方还需要到相关部门办理土地使用权变更登记手续，以确保赠与行为的合法性和有效性。

4. 风险提示

   • 如果赠与的土地存在权属纠纷或争议，那么赠与协议可能会因为土地权属不明确而无效或无法履行。
   • 如果赠与行为违反了法律法规的强制性规定或公序良俗，那么赠与协议也可能会被认定为无效。
   • 在签订赠与协议前，建议双方进行充分的沟通和协商，明确各自的权利和义务，并咨询专业律师的意见，以确保赠与行为的合法性和有效性。