在老板作为主犯、员工作为从犯的案件中，工资的计算需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若案件未进入司法程序或未认定违法所得
   工资计算需回归劳动关系本质，即根据双方签订的劳动合同、公司规章制度及实际工作情况确定。从犯身份本身不直接导致工资扣减，但若员工行为违反公司内部规定（如参与非法活动），公司可依据《劳动合同法》第39条解除合同，且无需支付经济补偿。此时工资结算应截至劳动关系终止日，按实际出勤天数或完成工作量计算。

2. 若案件进入司法程序且认定违法所得
   根据《刑法》第64条，违法所得需追缴或责令退赔。若员工工资被认定为违法所得的一部分（如通过非法活动获取的报酬），司法机关可能要求员工退还。但需注意：

   • 合法工资与违法所得的区分：若工资中仅部分金额与违法活动相关（如提成、奖金），仅需退还该部分；基本工资若能证明与违法活动无关，可保留。
     
   • 退赔责任范围：从犯通常仅需退还自身参与部分对应的违法所得，而非承担主犯的全部退赔责任。例如，员工仅协助老板实施诈骗，仅需退还自己实际分得的赃款，而非老板骗取的全部金额。

3. 若公司因案件停业或员工被羁押

   • 停业期间工资：根据《工资支付暂行规定》第12条，非因劳动者原因停工停产，在一个工资支付周期内（通常为1个月）应按劳动合同标准支付工资；超过周期的，若劳动者提供正常劳动，工资不得低于当地最低工资标准；若未提供劳动，公司可按不低于最低工资70%的标准支付生活费。
     
   • 羁押期间工资：员工被依法羁押期间，公司可暂停支付工资，但若最终无罪释放，公司需补发羁押期间的工资；若被判刑，劳动关系依法解除，公司无需支付羁押期间工资，但需支付解除合同前的未结工资。

建议：若您或您所在公司涉及此类案件，建议立即整理劳动合同、工资发放记录、参与违法活动的证据（如聊天记录、任务分配记录等），以便在司法程序中明确工资与违法所得的界限。如有进一步疑问，可直接向我提问，我会结合具体案情为您详细分析。