结论前置：债务互抵时是否还有滞纳金，以及滞纳金是否合法，这主要取决于双方当事人的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
债务互抵的基本原则
- 债务互抵，即双方当事人互负债务时，各以其债权充当债务的清偿，而使其债务与对方的债务在对等额内相互消灭。这是基于双方当事人的合意，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗时，是合法有效的。
滞纳金在债务互抵中的处理
- 若双方有约定：如果双方当事人在债务互抵的协议中明确约定了滞纳金的处理方式，比如滞纳金是否继续计算、如何计算、由哪一方承担等，那么应当按照双方的约定来执行。只要这种约定不违反法律、行政法规的强制性规定，就是合法有效的。
- 若双方无约定：如果双方当事人在债务互抵的协议中没有明确约定滞纳金的处理方式，那么通常可以理解为在债务互抵时，滞纳金也一并被抵消。因为滞纳金是原债务的一部分，随着原债务的消灭而消灭。但这也需要根据具体情况和当地司法实践来判断。
滞纳金的合法性
- 合法滞纳金：如果滞纳金是双方当事人在合同中明确约定的，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定（如利率上限等），那么这种滞纳金是合法的。在债务互抵时，如果双方同意继续计算并承担滞纳金，那么这种处理方式也是合法的。
- 非法滞纳金：如果滞纳金违反了法律、行政法规的强制性规定（如过高利率、不合理的违约金等），那么这种滞纳金可能是非法的。在债务互抵时，即使双方有约定，这种非法的滞纳金也可能不会被法院支持。
实际操作建议
- 明确约定：在进行债务互抵时，双方当事人应当明确约定滞纳金的处理方式，以避免后续纠纷。
- 审查合法性：在约定滞纳金时，双方应当审查其是否违反法律、行政法规的强制性规定，以确保其合法性。
- 咨询专业律师：如果双方对滞纳金的处理方式或合法性存在疑问，可以咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
举例说明：假设甲欠乙10万元，乙欠甲8万元，双方约定进行债务互抵。如果双方在互抵协议中明确约定，甲还需向乙支付剩余2万元债务的滞纳金（按照一定比例计算），且该滞纳金不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种约定是合法有效的。在债务互抵后，甲仍需按照约定向乙支付滞纳金。
进一步思考：在实际操作中，债务互抵和滞纳金的处理可能涉及更复杂的法律问题和事实情况。因此，在进行债务互抵时，双方当事人应当谨慎对待，并尽可能咨询专业律师以获取更全面的法律意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。