结论：当员工不胜任工作但掌握公司不合规行为时，公司需谨慎处理，既要考虑解除不胜任员工的劳动合同，又要避免因处理不当而引发员工举报公司不合规行为的风险。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、关于员工不胜任工作的处理
不胜任工作的认定：
- 公司需有明确的岗位职责和考核标准，以证明员工确实不胜任工作。这通常包括员工的工作表现、工作成果、工作态度等方面的综合评估。
- 若员工不胜任工作，公司应首先进行培训或调整工作岗位，以帮助员工提升能力或适应新岗位。这是法律规定的公司义务，也是避免劳动纠纷的重要步骤。
解除劳动合同的程序：
- 若经过培训或调整工作岗位后，员工仍不胜任工作，公司可以依据《劳动合同法》的相关规定，提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同。
- 在解除劳动合同的过程中，公司需确保程序合法、证据充分，以避免因程序不当而引发的劳动纠纷。
二、关于员工掌握公司不合规行为的处理
合规风险评估：
- 公司应首先评估员工掌握的不合规行为的具体情况，包括行为的性质、严重程度、可能引发的法律后果等。
- 若员工掌握的不合规行为涉及违法犯罪，公司应立即向相关部门报告，并配合调查处理。
与员工沟通的策略：
- 在处理员工不胜任工作的同时，公司应谨慎与员工沟通，避免激化矛盾或引发员工举报公司不合规行为的动机。
- 公司可以尝试与员工进行协商，了解其掌握的不合规行为的具体情况，并寻求妥善解决方案。若员工愿意配合公司纠正不合规行为，公司可以考虑给予一定的奖励或保护措施。
法律后果的预防：
- 公司应确保自身行为合法合规，避免给员工留下举报的把柄。这包括完善内部管理制度、加强合规培训、定期进行合规审查等。
- 若员工确实举报了公司的不合规行为，公司应积极配合相关部门的调查处理，并主动纠正错误、承担责任。这有助于减轻公司的法律后果，并维护公司的声誉和形象。
三、综合建议
加强内部管理：
- 公司应建立健全的内部管理制度，明确岗位职责和考核标准，确保员工的工作表现能够得到客观、公正的评价。
- 公司应加强合规培训，提高员工的合规意识和法律素养，避免员工因无知而触犯法律。
谨慎处理劳动纠纷：
- 在处理员工不胜任工作的劳动纠纷时，公司应保持冷静、理性，避免情绪化决策或行为。
- 公司可以寻求专业法律人士的帮助，以确保处理程序的合法性和证据的充分性。
建立举报机制：
- 公司可以建立内部举报机制，鼓励员工举报公司的不合规行为。这有助于公司及时发现并纠正问题，避免问题扩大化。
- 公司应对举报人给予一定的保护措施，如保密、奖励等，以激发员工的举报积极性。
最后，作为郑华律师，我提醒您在处理此类复杂情况时，务必保持谨慎和理性。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。