在行政诉讼中，规划局对违建认定的回复函中的认定意见，一般可以作为违建的依据，但并非绝对，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、规划局认定意见的效力基础
规划局作为城市规划管理的行政主管部门，具有对建筑物是否违反城市规划进行认定的法定职权。其出具的违建认定意见，通常是基于现场勘查、规划图纸比对、相关法律法规适用等程序作出的，具有一定的专业性和权威性。在行政诉讼中，这种认定意见往往被视为行政机关在履行职责过程中形成的证据，具有一定的证明力。
二、认定意见作为违建依据的条件
程序合法：规划局在作出违建认定意见时，必须遵循法定程序，包括现场勘查、通知当事人陈述申辩、听取当事人意见等。如果程序存在瑕疵，如未通知当事人到场、未听取当事人意见等，可能影响认定意见的合法性，进而影响其作为违建依据的效力。
事实清楚、证据充分：认定意见必须基于清楚的事实和充分的证据。规划局需要提供现场勘查记录、规划图纸、相关法律法规等证据，以证明建筑物确实违反了城市规划。如果事实不清、证据不足，认定意见的可靠性将受到质疑，难以作为违建的依据。
适用法律正确：规划局在作出违建认定意见时，必须正确适用相关法律法规。如果适用法律错误，如将合法建筑误认为违建，或者将违建认定为合法建筑，将直接影响认定意见的合法性和有效性。
三、认定意见在行政诉讼中的审查
在行政诉讼中，法院会对规划局出具的违建认定意见进行全面审查。审查内容包括认定意见的程序合法性、事实清楚性、证据充分性以及适用法律正确性等。如果法院认为认定意见存在上述问题，可能不予采纳，或者要求规划局重新作出认定。
四、特殊情况下的处理
当事人提出异议：如果当事人对规划局的违建认定意见提出异议，并提供相反证据或理由，法院将根据双方提供的证据和理由进行综合判断。如果当事人的异议成立，法院可能不予采纳规划局的认定意见。
复议或诉讼中的新证据：在行政复议或行政诉讼过程中，如果出现了新的证据或情况，可能影响违建认定的结果。例如，当事人提供了新的规划图纸或法律法规，证明建筑物并未违反城市规划。在这种情况下，法院将根据新证据和情况重新审查违建认定意见。
建议：如果您对规划局的违建认定意见有异议，或者认为该认定意见在行政诉讼中不应被采纳，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。作为专注于婚姻家庭、经济纠纷、房产纠纷、合同纠纷、公司事务、行政纠纷领域的律师，我能够为您提供专业的法律咨询和帮助。