罚款5000元是否会留下案底，主要取决于罚款的性质和适用的法律程序。以下是对这一问题的详细分析：
行政罚款与案底的关系：
- 行政罚款是行政机关对违反行政法规的行为进行的惩戒，如交通违规、市场监管违规等。这种罚款通常不会形成刑事犯罪记录，即不会留下传统意义上的“案底”。
- 行政罚款记录通常保存在相应的行政机关内部系统中，用于行政管理目的，不会进入个人的刑事档案，也不会影响个人的无犯罪记录证明。
刑事罚款（罚金刑）与案底的关系：
- 如果罚款是在刑事诉讼过程中，作为刑罚的一部分由法院判处的（如罚金刑），那么这种情况会留下刑事犯罪记录，即案底。
- 刑事罚款会记录在刑事判决书中，对个人未来的就业、出国、信用等方面可能产生负面影响。
针对您的情况：
- 如果您是因为违反行政法规而被处以5000元罚款，那么这种罚款属于行政处罚，不会留下案底。
- 如果您是因为涉及刑事犯罪而被法院判处罚金5000元，那么这种情况会留下刑事犯罪记录，即案底。
如何查询与确认：
- 如果您想确认自己是否有刑事犯罪记录，可以向当地公安机关申请出具无犯罪记录证明。
- 对于行政罚款记录，由于不涉及刑事犯罪，因此通常不需要特别查询或确认。
建议：
- 如果您对罚款的性质或法律程序有疑问，或者担心罚款可能对自己产生的影响，建议咨询专业律师以获取更详细的法律意见。
- 在日常生活中，遵守法律法规，避免违法行为，是维护个人声誉和权益的最佳方式。
如有其他法律问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。