核心结论：限额以上工程没有手续属于违法违规行为，需根据不同情况采取补办手续、接受行政处罚、承担民事责任或刑事责任等处理方式。以下为详细说明：

1. 补办相关手续

   • 前提情况：如果工程本身符合规划、建设等要求，只是由于各种原因未及时办理相关手续。
   • 处理方式：建设单位应尽快向相关部门（如规划部门、建设主管部门等）说明情况，按照规定的程序和要求补办建设工程规划许可证、施工许可证等必要手续。在补办手续过程中，可能需要提交工程的相关资料，如设计图纸、施工合同、质量检测报告等，以证明工程符合相关标准和规范。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。因此，在能够补办手续且消除影响的情况下，及时补办是较为有利的处理方式。

2. 接受行政处罚

   • 前提情况：若工程存在一些不符合规划或建设要求的情况，但尚可采取改正措施消除影响的。
   • 处理方式：除了补办手续外，建设单位还需接受相关部门的行政处罚，如罚款等。罚款的金额会根据工程的违法程度、造价等因素确定。例如，对于未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，可能处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，行政机关有权对违法建设行为进行处罚，以维护城乡规划的严肃性和建设市场的秩序。

3. 承担民事责任

   • 前提情况：如果因工程没有手续给第三方造成了损失，如相邻建筑因施工受到影响、工程占用他人土地等。
   • 处理方式：建设单位需要承担相应的民事赔偿责任。赔偿的范围包括直接损失和间接损失，如相邻建筑的修复费用、因土地占用导致的经济损失等。双方可以通过协商解决赔偿事宜，如果协商不成，受损方可以向人民法院提起民事诉讼，要求建设单位承担赔偿责任。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。建设单位未办理手续进行工程建设，存在过错，因此需要对给第三方造成的损失进行赔偿。

4. 面临刑事责任

   • 前提情况：在工程建设过程中，如果存在严重违反法律法规的行为，如未经批准擅自占用大量基本农田、工程存在重大安全隐患且拒不整改导致严重后果等。
   • 处理方式：相关责任人可能会面临刑事责任的追究。例如，涉嫌非法占用农用地罪、重大责任事故罪等。一旦被认定构成犯罪，将根据刑法的规定受到相应的刑罚处罚，如有期徒刑、罚金等。
   • 法律依据：《中华人民共和国刑法》对各类犯罪行为及其刑罚作出了明确规定。对于工程建设领域的严重违法犯罪行为，司法机关将依法进行惩处，以维护社会公共利益和法律尊严。

建议：限额以上工程没有手续是一个比较严重的问题，建设单位应高度重视，尽快采取合适的处理措施。如果对具体的处理方式或法律责任存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供详细的法律分析和建议。