小额工程未备案的处理方式及拆除相关问题，需分情况讨论，具体如下：

1. 行政处罚层面
   根据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，未依法取得施工许可证擅自施工的，由住建部门责令停止施工，限期改正，对建设单位处工程合同价款1%以上2%以下罚款，对施工单位处3万元以下罚款。即使工程金额较小，若未达到当地备案豁免标准（如部分地区规定50万元以下工程可免于备案），仍需承担行政责任。
   例外情形：若工程属于《建筑工程施工许可管理办法》第二条规定的“限额以下小型工程”（如工程投资额在30万元以下或建筑面积在300平方米以下），则无需办理施工许可证，但需确认当地具体豁免标准。

2. 拆除程序层面
   若工程因未备案被认定为违法建设，需拆除时，行政机关应遵循《行政强制法》规定的程序：

   • 催告与公告：作出拆除决定前，需书面催告当事人履行义务，并公告限期自行拆除；
     
   • 陈述申辩权：当事人有权在催告期内提出陈述、申辩，行政机关需复核；
     
   • 强制执行决定：逾期未拆除的，行政机关需作出书面强制执行决定，并载明救济途径；
     
   • 强制执行实施：由行政机关或申请法院强制执行，禁止在夜间或法定节假日实施强制拆除（紧急情况除外）。
     关键点：拆除必须以合法有效的行政决定为前提，程序违法可能导致拆除行为被撤销。

3. 民事责任层面
   若工程已投入使用，拆除可能涉及第三方权益（如租赁关系、相邻权），需通过民事诉讼解决争议。例如：

   • 承租人可依据《民法典》第七百零八条，主张出租人未履行适租义务要求赔偿；
     
   • 相邻权人可依据《民法典》第二百九十五条，主张拆除影响通风、采光等权益。

4. 实务建议

   • 立即补办手续：若工程符合备案条件，尽快向住建部门申请补办施工许可证，避免处罚升级；
     
   • 申请听证或复议：对处罚决定不服的，可在收到决定书60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；
     
   • 证据固定：若面临拆除，提前对工程现状、财产损失进行公证或拍照取证，为后续索赔或抗辩准备材料。

提示：小额工程未备案的后果需结合工程性质、金额、当地法规综合判断。若涉及具体案件，建议提供工程合同、行政处罚决定书等材料，以便进一步分析法律风险及应对策略。