代理商提供的品牌门店授权证书通常不能直接代替授权书与别的公司开展合作。以下从几个角度进行详细分析：

一、授权证书与授权书的法律性质与效力

1. 授权证书：一般而言，授权证书可能是品牌方对代理商在特定区域或特定门店进行品牌经营的一种资格确认，它更多体现的是一种品牌经营权的授予，但并不一定涵盖代理商对外进行合作或转授权的权限。
2. 授权书：授权书则通常是一种更为正式的法律文件，它明确规定了被授权方（如代理商）在何种范围内、以何种方式、代表授权方（如品牌方）进行何种活动。授权书往往具有更强的法律约束力，是合作双方明确权利义务关系的重要依据。

二、合作中的法律风险

1. 合同效力问题：如果代理商仅凭品牌门店授权证书与别的公司开展合作，而该证书并未明确授权代理商进行此类合作或转授权，那么这种合作可能因缺乏明确的法律授权而面临合同效力上的挑战。一旦发生纠纷，合作方可能主张合同无效或要求代理商承担违约责任。
2. 品牌方责任问题：如果代理商未经品牌方明确授权而擅自以品牌名义与别的公司开展合作，一旦合作出现问题或给品牌方造成损失，品牌方可能追究代理商的侵权责任或违约责任。

三、实际操作建议

1. 明确授权范围：在开展合作前，代理商应仔细审查品牌门店授权证书的内容，明确其是否包含对外合作或转授权的权限。如果证书内容不明确或存在歧义，应及时与品牌方沟通确认。
2. 签订正式授权书：为了确保合作的合法性和有效性，代理商应与品牌方签订正式的授权书，明确双方的权利义务关系、合作范围、合作方式等关键条款。这样不仅可以保护代理商自身的合法权益，也可以避免给品牌方带来不必要的法律风险。
3. 咨询专业律师：在涉及复杂的法律问题时，代理商应咨询专业律师的意见，以确保自身行为的合法性和合规性。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

总结来说，代理商提供的品牌门店授权证书通常不能直接代替授权书与别的公司开展合作。为了确保合作的合法性和有效性，代理商应明确授权范围、签订正式授权书，并在必要时咨询专业律师的意见。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。