在合作研发合同中，通常由承担研究开发任务的一方（即受托方或研发方）负责到科技主管部门进行合同登记，但具体责任方应根据合同约定及当地科技主管部门的规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则
登记主体：
- 在合作研发合同中，若一方主要负责研究开发工作，那么该方（即受托方或研发方）通常负责到科技主管部门进行合同登记。这是因为研发方对技术内容、研发进展及合同细节有最深入的了解，便于准确、高效地完成登记流程。
管理目的与操作便利：
- 科技主管部门对技术合同进行登记，旨在贯彻国家扶植技术市场的政策，为技术交易提供税收等优惠。研发方因其专业性和对技术的熟悉度，更易于满足科技主管部门的审核要求。
- 从操作层面看，研发方掌握着技术的详细资料和关键信息，能够迅速、准确地提供相关材料，提高登记效率。
二、特殊情况与合同约定
双方约定：
- 尽管通常由研发方负责登记，但双方完全可以在合作研发合同中明确约定由哪一方负责具体的登记事宜。只要双方达成一致意见，并在合同中清晰表述，这种约定即具有法律效力。例如，若委托方希望自行办理登记手续，或双方约定共同办理，均可在合同中明确约定。
地方规定差异：
- 需要注意的是，不同地方的科技主管部门可能会有各自的具体要求和流程。因此，在实际操作前，建议双方先了解并遵循当地科技主管部门的相关规定，以确保登记工作的顺利进行。例如，某些地方可能要求提供特定的材料或遵循特定的流程。
三、法律建议
明确约定登记责任方：
- 为避免不必要的麻烦和延误，双方在签订合作研发合同时应明确约定登记责任方。这不仅可以确保合同登记的准确性和及时性，还能有效维护双方的合法权益。
提前了解当地规定：
- 在签订合同前，双方应提前了解当地科技主管部门的具体要求和流程，以便在办理登记时能够迅速、准确地提供所需材料，提高登记效率。
保留相关证据：
- 在办理登记过程中，双方应保留好相关证据，如登记申请表、技术合同文本、相关证明材料等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
若您在合作研发合同登记方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。