结论：关于“个体营业执照是儿子的，租户又是父母，这样的合同是否合法”的问题，合同本身的合法性并不直接取决于营业执照的持有者与租户之间的关系，而是取决于合同内容是否符合法律法规、双方意思表示是否真实以及是否存在其他违法情形。以下从多个角度进行分析：
一、合同主体资格
营业执照与合同主体：营业执照是市场主体合法经营的凭证，它证明了儿子作为个体工商户的合法经营资格。然而，在租赁合同中，合同主体是出租人和承租人，与营业执照的持有者（即儿子）并不必然是同一人。如果父母作为出租人，将房产出租给儿子（或其他人），只要父母是房产的合法所有者或有权出租的人，且儿子（或承租人）具备相应的民事行为能力，那么合同主体资格就是合法的。
家庭关系与合同效力：家庭关系（如父子关系）本身并不影响合同的效力。合同的有效性主要取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实、是否违反法律法规的强制性规定等。因此，即使儿子是营业执照的持有者，而父母是出租人，这并不影响租赁合同的合法性。
二、合同内容合法性
租赁合同的基本要素：租赁合同应当包含租赁物的名称、数量、用途、租赁期限、租金及其支付期限和方式、租赁物维修等条款。只要这些条款符合法律法规的规定，且双方意思表示真实，那么合同就是合法的。
禁止性规定：在签订租赁合同时，双方应当遵守相关法律法规的禁止性规定，如不得将违法建筑出租、不得将禁止出租的房屋出租等。如果合同内容违反了这些禁止性规定，那么合同就是无效的。
三、特殊情况分析
儿子作为承租人：如果儿子作为承租人租赁父母的房产，且父母是房产的合法所有者或有权出租的人，那么这种租赁行为是合法的。此时，营业执照的持有者（儿子）与承租人（也是儿子）是同一人，但这并不影响合同的合法性。
儿子作为营业执照持有者与租赁行为的关系：儿子作为营业执照的持有者，其经营行为与租赁行为是两个独立的法律行为。除非租赁合同中明确约定了与营业执照相关的条款（如租赁用途必须与营业执照的经营范围相符），否则营业执照的持有者与租赁行为之间没有直接的关联。
四、法律建议
确保合同内容合法：在签订租赁合同时，双方应当仔细审查合同内容，确保合同条款符合法律法规的规定，且双方意思表示真实。
明确合同主体：在合同中明确出租人和承租人的身份信息，以及房产的权属情况，以避免因主体不明确而引发的纠纷。
咨询专业律师：如果双方对合同内容或法律条款存在疑问，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
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