若承包合同被法院认定无效，地上农作物的归属需根据具体情况判断，一般有以下两种处理方向：
- 若农作物尚未收获，且双方对合同无效均有过错
根据《民法典》第157条，合同无效后，因该合同取得的财产应返还或折价补偿；有过错的一方需赔偿对方损失，双方均有过错的则按过错比例分担。
具体到农作物：
- 若承包方（种植方）投入了种子、化肥、人工等成本，发包方（土地所有者/管理者）可能需返还承包方投入的成本，或按过错比例补偿；
- 若发包方明知合同无效仍允许承包方种植，可能需承担主要过错责任，农作物收益可能优先归承包方（以补偿其投入），但需扣除土地使用费等合理成本；
- 若双方过错相当，可能按公平原则分割收益，例如承包方获得成本补偿，发包方获得土地自然增值部分。
- 若农作物已收获，或合同无效因发包方单方过错导致（如未取得土地经营权流转许可）
- 若发包方未依法取得土地流转权限（如未经集体经济组织同意），导致合同无效，发包方可能需赔偿承包方全部损失，包括农作物预期收益（需举证实际投入和预期产量）；
- 若承包方明知合同无效仍强行种植（如未支付承包费），可能被认定为主要过错方，农作物收益可能归发包方，承包方仅能主张成本返还（需扣除已使用土地的合理费用）；
- 特殊情形：若农作物为承包方合法种植（如发包方口头同意但未签合同），法院可能根据“实际履行情况”和“公平原则”，酌情判决收益归属，例如承包方获得成本+部分收益，发包方获得土地使用补偿。
关键提醒：
- 合同无效不意味着“收益自动归发包方”，需结合双方过错、实际投入、土地性质（如是否为基本农田）综合判断；
- 建议立即固定证据（如种植成本票据、土地现状照片、沟通记录），避免因证据缺失影响权益；
- 若涉及集体土地，还需考虑《农村土地承包法》对流转程序的特殊规定，可能影响责任划分。
如有具体案件细节（如土地性质、合同条款、种植成本等），可进一步向我说明，我会结合法律条文和类案判决为您详细分析。