当工程结束后甲方拒绝进行审计，施工方可以采取以下措施来积极维护自身合法权益，确保工程款得以顺利结算：

1. 沟通协商，了解原因并强调合作重要性

   • 主动询问与了解原因：施工方应以正式函件或会议形式与甲方沟通，明确其不进行审计的具体原因。可能的原因包括误解、内部流程问题或其他疑虑。通过友好交流，澄清问题所在，为后续解决奠定基础。
   • 强调合作重要性：向甲方阐述及时审计对双方的益处，如确定工程成本、便于财务结算、项目后续管理以及施工方的资金周转和正常运营。从合作共赢的角度出发，增强甲方对审计工作的重视。
   • 协商审计时间与流程：若甲方因时间安排或流程问题拖延，双方应共同商定合理的审计时间节点和详细流程，明确责任义务，确保审计工作有序进行。

2. 依据合同条款，维护自身权益

   • 审查合同内容：仔细查阅工程合同中关于审计的条款，包括审计时间、方式及违约责任等。若甲方违反约定，施工方有权依据合同条款追究其责任。
   • 发送书面催告函：若合同明确审计期限而甲方逾期未启动审计，施工方应发送书面催告函，指出违约事实，要求甲方在规定期限内（如10个工作日）开始审计，并告知法律后果。催告函需以可留痕方式送达，并保留寄送凭证。
   • 依据合同条款要求支付工程款：若合同规定甲方逾期不审计视为认可施工方结算报告，施工方可根据此条款要求甲方支付工程款。若甲方拒绝，可进一步采取法律手段。

3. 寻求第三方介入，协助解决问题

   • 行业主管部门协调：向当地建设工程行业主管部门反映情况，请求协调和督促。准备详细项目资料，以便主管部门了解情况并作出判断。
   • 工程监理单位斡旋：如项目有监理单位，可与监理单位沟通，请求其利用与甲方的沟通渠道，协助推动审计工作。
   • 工程造价咨询机构审计：自行委托有资质的工程造价咨询机构进行审计，出具专业审计报告作为后续主张工程款的有力证据。

4. 法律途径解决争议，确保权益不受侵害

   • 申请仲裁：若合同中约定仲裁条款，施工方可向约定仲裁机构申请仲裁，提供充分证据证明主张，包括工程建设资料、往来函件等。仲裁裁决具有法律效力。
   • 提起诉讼：若无仲裁条款，施工方可向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求甲方履行审计义务并支付工程款及利息损失。法院可能委托工程造价鉴定机构进行鉴定，以确定最终工程价款。

5. 全程证据收集与整理，为法律行动提供支持

   • 在整个过程中，施工方应高度重视证据的收集与整理工作，包括但不限于合同文本、施工图纸、变更签证、往来函件、付款记录等。这些证据对于维护自身合法权益至关重要，将在沟通协商、书面催告、第三方介入及法律途径中发挥关键作用。

在处理此类问题时，施工方应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语，以免加剧矛盾或引发不必要的法律纠纷。 若遇到复杂情况或难以解决的问题，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。