结论前置：公司借款打入个人账户且没有借款协议的情况下，能否追回借款取决于多种因素，包括资金流转的证据、借款事实的证明以及法律关系的认定等。以下从不同角度进行分析：
一、资金流转证据的重要性
转账记录作为初步证据：
- 转账记录是证明资金流转的直接证据，能够显示公司账户向个人账户转账的事实。
- 然而，仅凭转账记录并不足以证明借款关系的存在，因为转账可能基于多种原因，如工资支付、报销、分红等。
其他辅助证据：
- 除了转账记录外，还需要收集其他辅助证据来证明借款关系，如聊天记录、邮件往来、口头协议的录音或录像等。
- 这些证据可以辅助证明双方之间存在借款的合意，以及借款的具体金额、期限和还款方式等。
二、借款事实的证明
借款合意的证明：
- 借款合意是借款关系成立的基础。在没有书面借款协议的情况下，需要通过其他证据来证明双方之间存在借款的合意。
- 这可能包括双方的口头约定、行为表现（如一方提出借款，另一方同意并接收款项）等。
借款用途的证明：
- 如果能够证明借款用于了公司的经营或特定项目，这有助于增强借款关系的说服力。
- 例如，可以提供借款后资金的使用记录、项目合同或发票等证据来证明借款用途。
三、法律关系的认定
公司法与个人债务的区别：
- 如果借款是公司行为，但资金打入了个人账户，这可能涉及公司法与个人债务的交叉问题。
- 在这种情况下，需要明确借款是公司债务还是个人债务，以及个人是否应当承担还款责任。
法律责任的承担：
- 如果能够证明借款关系存在，且个人账户接收了借款资金，那么个人可能需要根据法律规定承担还款责任。
- 然而，如果个人能够证明资金并未用于个人消费或投资，而是根据公司指示用于了公司经营或其他合法用途，那么个人可能不需要承担全部或部分还款责任。
四、实际操作建议
收集证据：
- 尽快收集所有与借款相关的证据，包括转账记录、聊天记录、邮件往来、口头协议的录音或录像等。
- 如果可能的话，尝试与对方进行协商，并保留协商过程中的证据。
咨询专业律师：
- 在没有借款协议的情况下，追回借款可能面临一定的法律难度。因此，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 律师可以根据具体情况分析证据的充分性、法律关系的认定以及可能的法律后果等，并为你提供针对性的解决方案。
考虑诉讼或仲裁：
- 如果协商无果，且证据充分，可以考虑通过诉讼或仲裁等方式来追回借款。
- 在选择诉讼或仲裁前，需要评估成本、时间以及可能的法律结果等因素。
最后，公司借款打入个人账户且没有借款协议的情况下，能否追回借款取决于多种因素。如果你面临类似情况，建议尽快收集证据并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的解答。