结论：在超过申请执行期限的执行案件中，若被执行人提出执行异议，是否应立“执异字”案件，需根据异议的具体内容和性质来判断。若异议针对的是执行行为本身，则应立“执异字”案件；若异议针对的是执行标的，则应立“执复字”或相关案号下的异议审查程序（具体案号可能因地区和法院习惯有所不同，但核心在于区分行为异议与标的异议）。以下为详细分析：
一、执行异议的分类与处理
执行行为异议：
- 定义：被执行人认为执行法院的执行行为违反法律规定，如执行程序违法、执行措施不当等，而提出的异议。
- 处理方式：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，被执行人提出执行行为异议的，执行法院应当审查并作出裁定。此类异议通常立“执异字”案件进行审查。
执行标的异议：
- 定义：被执行人或案外人对执行标的（即被执行的财产或权利）提出异议，认为执行标的存在权属争议或其他不应被执行的情况。
- 处理方式：对于执行标的异议，执行法院同样需要进行审查，但此类异议的审查程序可能与执行行为异议有所不同。在实务中，执行标的异议可能立“执复字”或相关案号下的异议审查程序，具体案号可能因地区和法院习惯而有所差异。但核心在于，它不同于执行行为异议的“执异字”案号。
二、超过申请执行期限的影响
- 申请执行期限的过期：通常意味着申请执行人失去了通过法院强制执行程序直接实现其债权的机会。然而，这并不影响被执行人或案外人提出执行异议的权利。
- 异议的提出与审查：无论申请执行期限是否过期，被执行人或案外人均有权对执行行为或执行标的提出异议。执行法院应当依法进行审查，并作出相应的裁定。
三、实务操作建议
- 明确异议类型：在提出异议时，被执行人应明确异议的类型（是执行行为异议还是执行标的异议），以便执行法院能够准确立案并审查。
- 准备充分证据：被执行人应准备充分的证据来支持其异议主张，如执行行为违法的证据、执行标的权属争议的证据等。
- 遵循法定程序：被执行人应遵循法定程序提出异议，如按照法院的要求提交书面异议申请、参加异议审查听证等。
举例说明：假设在一个执行案件中，申请执行期限已经过期，但被执行人发现执行法院在执行过程中错误地查封了其名下的一处房产（该房产实际上并不属于被执行人所有）。此时，被执行人可以向执行法院提出执行标的异议，请求法院解除对该房产的查封。执行法院在审查后，如果认为异议成立，将会裁定解除查封。
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