停职留薪三年是否合法，需结合具体情况及法律法规来判断，一般情况下，未经协商一致或违反法律法规的长时间停薪留职是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律法规依据与原则
《中华人民共和国劳动法》及相关规定：
- 劳动法强调了劳动合同的履行和变更应遵循平等自愿、协商一致的原则。这意味着，任何对劳动合同的变更，包括停薪留职，都需要双方协商一致。
- 根据劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》的通知，原固定工中经批准的停薪留职人员，愿意回原单位继续工作的，原单位应与其签订劳动合同；不愿回原单位继续工作的，原单位可以与其解除劳动关系。这一规定虽然针对的是原固定工，但体现了停薪留职需双方协商一致的原则。
《中华人民共和国劳动合同法》：
- 该法第三条规定，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。这进一步强调了劳动合同变更需双方协商一致的原则。
二、停薪留职的合法性条件
双方协商一致：
- 停薪留职必须建立在用人单位与劳动者协商一致的基础上。任何一方不得单方面决定停薪留职，尤其是长时间停薪留职，如三年，更需要双方充分沟通并达成一致。
符合法律法规和企业规章制度：
- 停薪留职的安排不得违反国家法律法规的强制性规定，如最低工资标准、社保缴纳等。同时，也不得违背企业的合法规章制度。对于长时间停薪留职，企业需有明确的规章制度支持，并确保该制度不违反法律法规。
明确期限和待遇：
- 停薪留职期间，双方应明确约定期限、工资待遇、社会保险缴纳等事项。对于三年这样的长时间停薪留职，更需详细约定，以保障双方的合法权益。
三、长时间停薪留职的潜在风险和问题
劳动关系处理不当：
- 长时间停薪留职可能导致劳动关系处理不当，如员工在停薪留职期间找到新工作但未与原单位解除劳动合同，可能构成双重劳动关系，引发劳动争议。
工资和社会保险问题：
- 停薪留职期间，员工通常不享受正常工资待遇，且社会保险可能由个人承担或由双方协商处理。对于三年这样的长时间停薪留职，如果约定不明确或处理不当，可能引发争议。
影响员工职业发展：
- 长时间停薪留职可能导致员工技能生疏、职业竞争力下降，对个人职业发展产生不利影响。
四、实际案例与操作建议
实际案例：
- 在某些企业中，员工因个人原因（如创业、学习等）申请停薪留职，并与企业签订书面协议明确相关事项。然而，这些案例中的停薪留职期限通常较短，且双方有明确的约定和保障措施。对于三年这样的长时间停薪留职，案例较少且需谨慎处理。
操作建议：
- 签订书面协议：明确停薪留职的期限、工资待遇、社会保险缴纳、保密义务等事项。对于长时间停薪留职，协议内容需更加详细和全面。
- 保留证据：妥善保存与停薪留职相关的所有文件和记录，以备不时之需。
- 及时沟通：在停薪留职期间保持与单位的联系，及时了解单位动态和个人权益保障情况。
- 考虑替代方案：对于长时间停薪留职的需求，双方可考虑其他替代方案，如调整工作安排、减少工作时间、降低工资等，这些方案需在与员工充分沟通、协商一致的基础上进行。
综上所述，停职留薪三年是否合法需结合具体情况及法律法规来判断。一般情况下，未经协商一致或违反法律法规的长时间停薪留职是不合法的。双方应充分沟通并达成一致，签订书面协议明确相关事项，并确保所有措施均符合法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。