当企业被员工申请仲裁时，企业需按照以下步骤和要求提交证据资料，以维护自身合法权益：

1. 明确仲裁请求及反驳要点
   企业应首先仔细研究员工的仲裁申请书，明确其提出的各项请求（如工资拖欠、违法解除劳动合同、未支付加班费等）及事实理由。针对每一项请求，企业需梳理自身反驳的法律依据和事实依据，确定需要提交的证据范围。例如，若员工主张违法解除，企业需准备解除劳动合同的合法性证据（如规章制度、违纪事实记录、处理程序文件等）。

2. 证据收集与整理
   企业需围绕反驳要点收集证据，证据类型包括但不限于：

   • 书证：劳动合同、工资条、考勤记录、规章制度、解除通知、培训记录、绩效考核表等；
     
   • 物证：如工作设备、工牌等（若涉及返还财产请求）；
     
   • 视听资料：监控录像、录音、聊天记录等（需确保合法性）；
     
   • 证人证言：其他员工或管理人员的书面证言（需附证人身份信息及联系方式）；
     电子数据：邮件、短信、OA系统记录等（需保留原始载体或公证）。
     证据需整理成清单，注明证据名称、来源、证明目的及页码，便于仲裁庭审查。

3. 证据提交的时间与方式

   • 提交时间：企业需在收到仲裁委的《应诉通知书》后，按照规定时间（通常为10日内）提交证据材料。若需延期，需提前向仲裁委申请并说明理由。
     
   • 提交方式：证据需一式三份（仲裁委、员工、企业各一份），建议通过书面形式提交，并附证据清单。若证据较多，可制作目录索引。电子证据需打印成纸质版或提供光盘，并注明存储路径。
     

4. 证据的合法性与关联性

   • 合法性：证据收集方式需合法，例如录音不得侵犯他人隐私，监控需在公共区域且已告知员工。
     
   • 关联性：证据需直接证明或反驳员工的请求，避免提交无关材料。例如，员工主张加班费，企业需提交考勤记录而非无关的会议记录。
     

5. 庭审中的证据质证与补充

   • 质证环节：企业需在庭审中对员工提交的证据发表质证意见，从真实性、合法性、关联性角度反驳。例如，若员工提交的工资条无企业盖章，可质疑其真实性。
     
   • 补充证据：若庭审中发现证据不足，企业可申请延期举证或补充提交新证据，但需符合仲裁委的程序要求。
     

注意事项：

• 企业应避免伪造或篡改证据，否则可能面临罚款、拘留甚至刑事责任。
  
• 若证据涉及商业秘密，可向仲裁委申请不公开审理或保密处理。
  
• 建议企业委托律师协助整理证据，确保逻辑严密、符合法律要求。
  

如有进一步疑问或需具体指导，可直接向我咨询，我将结合您的案件细节提供针对性建议。