在宅基地侵权行政复议中，若被告同时涉及政府部门和侵权人，申请书的撰写需要明确区分行政复议的被申请人以及可能涉及的第三人，并清晰阐述复议请求和事实理由。以下是一个详细的撰写指南：

一、明确行政复议的被申请人

在宅基地侵权行政复议中，通常政府部门（如乡镇政府或土地管理部门）是作出具体行政行为的主体，因此它们是行政复议的被申请人。你需要明确指出是哪个政府部门作出了你认为侵权的行政行为，例如：“被申请人：XX乡镇人民政府”。

二、确定第三人

侵权人虽然不是行政复议的直接被申请人，但他们的行为可能与行政复议案件有利害关系，因此可以作为第三人参加行政复议。在申请书中，你可以提及侵权人，并说明其与案件的关系，例如：“第三人：XX（侵权人姓名），因其行为与本案有利害关系，故申请其作为第三人参加行政复议”。不过，是否将侵权人列为第三人，需根据具体案件情况和行政复议机构的要求来决定，并非必须。

三、撰写复议请求

复议请求是行政复议申请书的核心部分，你需要明确提出你希望行政复议机构作出的具体决定。例如，你可以请求撤销政府部门作出的侵权行政行为，或者请求确认该行为违法并责令其重新作出行政行为等。复议请求应当具体、明确，并符合法律法规的规定。

四、阐述事实和理由

在申请书中，你需要详细阐述宅基地侵权的事实经过，包括侵权行为的发生时间、地点、方式、后果等。同时，你还需要说明你认为政府部门作出的行政行为为何侵犯了你的合法权益，以及该行为违反了哪些法律法规的规定。在阐述事实和理由时，要尽可能提供充分的证据材料来支持你的观点，如现场照片、视频、证人证言、鉴定报告等。

五、撰写申请书格式示例

以下是一个简化的行政复议申请书格式示例：

行政复议申请书

申请人：XX（你的姓名），性别，出生年月，身份证号码，住址，联系电话。

被申请人：XX乡镇人民政府（或具体作出行政行为的政府部门名称）。

第三人：XX（侵权人姓名，可选）。

复议请求：
1. 请求撤销被申请人作出的XX行政行为（具体行政行为名称）；
2. 请求确认该行政行为违法并责令其重新作出行政行为（或其他具体复议请求）。

事实和理由：
（在此部分详细阐述宅基地侵权的事实经过、政府部门行政行为的违法性以及你的合法权益受到侵害的情况。可以分段阐述，每段围绕一个中心论点展开，并辅以证据材料支持。）

此致

XX行政复议机构（如XX县人民政府行政复议办公室）

申请人（签名）：XX

日期：XXXX年XX月XX日

六、注意事项

1. 确保申请书内容真实、准确：申请书中的事实和理由必须真实可靠，不得夸大或捏造事实。同时，要确保所引用的法律法规条款准确无误。
2. 按照法定程序提交申请：你需要按照行政复议机构的要求，在法定期限内提交申请书及相关证据材料。逾期提交可能会影响你的复议权利。
3. 关注复议进展：提交申请后，你需要关注行政复议机构的受理情况、审理进展以及最终决定。如有需要，你可以积极配合行政复议机构的工作，提供必要的协助和说明。

如果你在撰写行政复议申请书过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和指导。