宅基地被邻居侵占，可按照以下步骤撰写申请书，并附上相关建议：

1. 明确申请目的与对象
   首先需明确申请书是提交给哪个部门（如村委会、乡镇政府或自然资源部门），以及申请的核心目的（如要求停止侵占、恢复原状或赔偿损失）。例如，若通过村委会调解，申请书需写明“致XX村村民委员会”；若直接向政府申请确权或处理纠纷，则需写明“致XX乡镇人民政府”。

2. 申请书核心内容框架
   一份完整的申请书应包含以下要素：

   • 申请人信息：姓名、身份证号、联系方式、宅基地使用权证号（或相关权属证明）。
     
   • 被申请人信息：邻居姓名、住址（若已知）。
     
   • 事实与理由：
     
     • 描述宅基地的合法来源（如继承、分配、审批文件等），并附上权属证明复印件；
       
     • 明确侵占行为的具体表现（如建房、堆放杂物、围墙越界等），附上现场照片、测绘图或证人证言；
       
     • 说明侵占行为对自身权益的影响（如无法正常使用宅基地、房屋安全受威胁等）。
       
   • 请求事项：
     
     • 要求停止侵占、拆除违规建筑、恢复原状；
       
     • 若造成损失，可要求赔偿（需列明具体损失及计算依据）；
       
     • 申请政府介入调查或确权。
       
   • 证据清单：列明附在申请书后的证据材料（如权属证书、照片、证人联系方式等）。
     
   • 申请人签字与日期：需本人签字并按手印，注明申请日期。

3. 法律依据与程序建议

   • 法律依据：
     
     • 根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
       
     • 若侵占行为涉及违法建筑，可依据《城乡规划法》第六十五条要求乡镇政府责令限期拆除。
       
   • 程序建议：
     
     • 优先协商：可先与邻居沟通，留存书面协商记录（如短信、录音）；
       
     • 申请调解：向村委会或乡镇司法所申请调解，调解协议可申请司法确认；
       
     • 行政处理：若调解无果，向乡镇政府或自然资源部门提交申请书，要求处理纠纷；
       
     • 诉讼途径：若对行政处理结果不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。

4. 注意事项

   • 证据充分性：确保权属证明、现场照片等证据清晰、合法，必要时可委托专业机构测绘；
     
   • 申请书格式：语言简洁、逻辑清晰，避免情绪化表述，重点突出事实与法律依据；
     
   • 跟进处理：提交申请后，主动联系受理部门了解进度，并保留回执或送达凭证。

示例模板（供参考）：

申请书  
致XX村村民委员会/XX乡镇人民政府：  
申请人：张三，身份证号XXXXXXXX，宅基地证号XXXXXXXX，住址XX村XX组。  
被申请人：李四，住址XX村XX组。  

事实与理由：  
1. 申请人宅基地系1990年经村委会分配取得（附权属证明），面积XX平方米，四至范围为……；  
2. 被申请人于2023年X月在申请人宅基地东侧修建围墙，越界XX米（附照片、测绘图），导致申请人无法正常通行；  
3. 申请人多次协商未果，现请求村委会/政府介入处理。  

请求事项：  
1. 责令被申请人拆除越界围墙，恢复宅基地原状；  
2. 赔偿申请人因侵占导致的损失XX元（如误工费、测绘费等）。  

证据清单：  
1. 宅基地使用权证复印件；  
2. 现场照片X张；  
3. 测绘报告（XX测绘公司，2023年X月X日）。  

此致  
申请人：张三（签字按手印）  
日期：2023年X月X日  

如有进一步疑问或需协助完善申请书，可直接向我咨询。