若承包合同中有关于清淤补偿的明确约定，可按合同约定主张损失赔偿；若合同无约定，可先与发包方协商补偿，协商不成可通过法律途径解决，包括起诉要求赔偿实际损失或申请行政补偿。以下是具体分析：

一、合同有约定的情况

1. 查看合同条款：仔细研读承包合同中关于清淤、征用、补偿等方面的条款。如果合同明确约定了在遇到类似新农村工程清淤等情形时，发包方应给予承包方一定的补偿，包括对鱼塘内鱼类的损失、养殖设施的损坏等方面的赔偿方式和标准，那么承包方可以直接依据合同约定，向发包方主张相应的损失赔偿。
2. 主张赔偿流程：按照合同约定的程序，及时向发包方提出书面赔偿请求，并提供相关的损失证据，如鱼塘养殖记录、鱼类死亡证明、设施损坏照片及维修费用清单等，要求发包方按照合同约定进行赔偿。如果发包方拒绝履行赔偿义务，承包方可以考虑通过法律途径，如向法院提起诉讼，要求发包方承担违约责任，赔偿自己的实际损失。

二、合同无约定的情况

1. 协商解决：
   • 与发包方沟通：在合同没有明确约定的情况下，承包方应首先尝试与发包方进行友好协商。向发包方详细说明自己在鱼塘养殖过程中的投入和因清淤工程所遭受的实际损失，如鱼苗购买费用、饲料成本、养殖设施建设费用、预期收益损失等，争取达成一个双方都能接受的补偿协议。
   • 寻求第三方调解：如果双方直接协商无法达成一致，可以考虑邀请当地的村委会、乡镇政府等相关部门或机构作为第三方进行调解。这些部门通常具有一定的公信力和协调资源，能够在一定程度上促进双方达成公平合理的补偿方案。
2. 法律途径解决：
   • 民事诉讼：如果协商和调解都无法解决问题，承包方可以向法院提起民事诉讼，要求发包方赔偿自己的损失。在诉讼过程中，承包方需要提供充分的证据证明自己的损失情况，如鱼塘养殖的相关账目、损失评估报告、现场照片和视频等。法院会根据双方提供的证据和相关法律法规，对案件进行审理并作出判决。
   • 行政补偿（若涉及行政行为）：如果新农村工程清淤是由政府相关部门组织实施的行政行为，且该行为对承包方的合法权益造成了损害，承包方还可以考虑申请行政补偿。根据《中华人民共和国国家赔偿法》等相关法律法规的规定，行政机关及其工作人员在行使行政职权时侵犯公民、法人或者其他组织合法权益的，造成损害的，受害人有取得赔偿的权利。承包方可以向实施清淤工程的行政机关提出行政补偿申请，如果行政机关拒绝补偿或对补偿决定不服，还可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。