劳动合同书中约定迟到、早退的违反制度行为，在符合法律规定和程序要求的情况下，是有效的。以下从多个角度进行分析：
一、劳动合同的合法性基础
劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当具备以下条款：工作内容和工作地点、工作时间和休息休假、劳动报酬、社会保险等。同时，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。迟到、早退作为劳动者违反工作纪律的行为，属于用人单位可以制定规章制度进行管理的范畴，因此，在劳动合同中约定相关条款，并不违反法律的强制性规定。
二、规章制度的有效性条件
虽然劳动合同中可以约定迟到、早退等违反制度的行为，但这些约定必须基于用人单位合法有效的规章制度。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
因此，如果用人单位的规章制度经过了上述法定程序，且内容合法合理，那么劳动合同中关于迟到、早退等违反制度行为的约定就是有效的。
三、约定内容的合理性
除了规章制度的有效性外，劳动合同中关于迟到、早退等违反制度行为的约定内容也应当合理。例如，对于迟到、早退的处罚措施应当与违规行为的性质、情节以及造成的后果相适应，不能过于严苛或者显失公平。如果约定内容过于苛刻或者违反公序良俗，那么该约定可能被认定为无效或者部分无效。
四、实际操作的建议
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