法院在处理此类案件时，首先会审查原告的诉讼请求及事实理由是否明确、一致，若原告主张的宅基地与承包地性质相互矛盾，法院将根据查明的事实和法律规定，依法作出处理，具体如下：
审查原告主张的法律关系及事实依据
法院会首先审查原告起诉时主张的法律关系（如宅基地使用权纠纷或土地承包经营权纠纷）及其所依据的事实。若原告在起诉状中同时主张宅基地和承包地，且二者性质明显矛盾（如宅基地属于集体建设用地，用于建造住宅；承包地属于农用地，用于农业生产），法院将要求原告明确其主张的法律关系及事实依据。若原告无法明确或提供的事实依据相互矛盾，法院可能依据《民事诉讼法》相关规定，要求原告限期补正或驳回起诉。
依据查明的事实确定案由及法律适用
若原告主张的法律关系不明确，法院将通过审查证据（如土地权属证书、承包合同、村委会证明等）查明土地的实际性质及权属状态。若土地性质为宅基地，则案由可能确定为“宅基地使用权纠纷”，适用《土地管理法》《民法典》物权编中关于宅基地使用权的规定；若土地性质为承包地，则案由可能确定为“土地承包经营权纠纷”，适用《农村土地承包法》《民法典》合同编中关于土地承包经营权的规定。若原告主张的法律关系与查明的事实不符，法院将依法驳回其不符合事实部分的诉讼请求。
释明法律关系并引导原告明确诉求
在审理过程中，若法院发现原告主张的法律关系与事实不符，可能依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》向原告释明，引导其明确诉讼请求或变更法律关系主张。若原告拒绝变更，且其主张的法律关系与事实明显不符，法院可能判决驳回其诉讼请求。例如，若原告以宅基地使用权纠纷起诉，但证据显示土地为承包地，且被告已依法取得承包经营权，法院将驳回原告关于宅基地使用权的诉求。
处理可能涉及的程序性问题
若原告的主张涉及多个法律关系（如同时主张宅基地和承包地），且法院认为不宜合并审理，可能依据《民事诉讼法》相关规定，要求原告选择其一进行诉讼，或裁定驳回起诉并告知其另行起诉。此外，若原告的起诉涉及行政确权前置程序（如宅基地权属争议需先经行政机关处理），法院可能裁定驳回起诉，告知原告先通过行政途径解决权属争议。
总结：法院在处理此类案件时，会以查明的事实为依据，依法确定案由及法律适用，并要求原告明确其主张的法律关系。若原告主张相互矛盾且无法补正，法院将依法驳回其不符合事实部分的诉讼请求。建议原告在起诉前充分收集证据，明确土地性质及权属状态，以避免因主张矛盾导致诉讼风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。