结论：自然人在公司店铺内失火，公司是否承担赔偿责任，需根据具体情况判断，主要看公司是否存在过错以及过错与火灾损失之间的因果关系。以下从不同角度进行分析：
一、公司无过错的情况
如果公司已经尽到了合理的安全保障义务，例如店铺内的消防设施完备、定期进行消防安全检查、对员工进行了消防安全培训等，且火灾的发生是由于自然人自身的故意或重大过失（如故意纵火、违规使用明火等）导致的，那么公司通常不需要承担赔偿责任。因为在此情况下，公司没有过错，且过错与火灾损失之间没有因果关系。
二、公司存在过错的情况
消防设施不完善：如果公司店铺内的消防设施存在缺陷或不符合安全标准，如消防器材过期、消防通道被堵塞等，导致火灾发生时无法及时扑救或人员无法及时疏散，那么公司可能需要承担相应的赔偿责任。因为公司未尽到合理的安全保障义务，存在过错，且该过错与火灾损失之间存在因果关系。
安全管理不到位：如果公司对店铺内的安全管理存在疏忽，如未对员工进行消防安全培训、未制定消防安全制度等，导致员工在火灾发生时无法正确应对或未能及时发现火灾隐患，那么公司也可能需要承担一定的赔偿责任。同样，这是因为公司存在过错，且该过错与火灾损失之间存在因果关系。
火灾原因与公司行为有关：如果火灾的发生是由于公司自身的行为导致的，如公司员工违规操作、公司设备故障引发火灾等，那么公司无疑需要承担赔偿责任。因为公司是火灾的直接责任方，其过错与火灾损失之间存在直接的因果关系。
三、法律建议
公司应加强安全管理：为了降低火灾风险，公司应定期对店铺内的消防设施进行检查和维护，确保消防设施的完好有效；同时，加强对员工的消防安全培训，提高员工的消防安全意识和应对火灾的能力。
及时报警并配合调查：一旦发生火灾，公司应立即报警并配合消防部门进行调查。在调查过程中，公司应如实提供相关信息和证据，以便消防部门查明火灾原因和责任方。
寻求法律帮助：如果公司因火灾而面临赔偿责任纠纷，建议及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况为公司提供法律咨询和辩护服务，帮助公司维护自身合法权益。
进一步思考：在实际操作中，判断公司是否承担赔偿责任还需要考虑多种因素，如火灾的具体原因、公司的过错程度、损失的大小等。因此，在处理此类纠纷时，建议公司积极与相关部门和当事人进行沟通协商，寻求妥善解决方案。如果遇到复杂情况或难以解决的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。