在《公务员法》实施之前合法取得的非流通股份，其处理方式需结合具体情形及后续法律法规变化综合判断，核心结论如下：

1. 若股份性质未因后续法律变更而受限制，可继续持有或依法转让
   《公务员法》实施前（2006年1月1日前），公务员通过合法途径（如企业改制、职工持股等）取得的非流通股份，若未违反当时法律（如《国家公务员暂行条例》中关于“不得经商办企业”的模糊限制），且后续《公务员法》及相关配套规定未明确要求追溯清理的，该股份仍属合法财产。

   • 持有：若股份未涉及利益冲突（如所在单位与持股企业存在业务关联），可继续持有，但需注意《公务员法》第五十九条关于“违反有关规定从事营利活动”的禁止性规定，避免新增持股或参与管理。
     
   • 转让：若需变现，需通过合法途径（如产权交易所、协议转让），并确保转让行为不违反《证券法》（如内幕交易、短线交易限制）及公务员兼职取酬的相关规定。

2. 若股份因后续法律或政策调整被要求清理，需按要求退出
   部分地区或行业在《公务员法》实施后，出台了更严格的公务员持股清理政策（如金融、国企领域），要求公务员清退违规持股。若您的股份被认定为“违规持有”（如通过权力寻租、关联交易取得，或所在单位明确禁止持股），则需按组织要求退出，通常需将股份转让给非关联方或回购至原企业。

   • 补偿问题：若清理政策导致您产生损失（如股份价值贬损），可依据政策文件或与单位协商争取合理补偿，但法律上无强制补偿依据，需以具体政策为准。

3. 若股份涉及利益冲突，需主动申报并调整
   即使股份本身合法，若您任职岗位与持股企业存在业务关联（如监管部门公务员持有被监管企业股份），可能构成利益冲突。根据《公务员法》第七十六条，您需主动向单位申报并调整持股情况（如转让、委托他人管理），否则可能面临纪律处分。

建议行动：

• 核查持股合法性：梳理取得股份的原始文件（如改制方案、职工持股协议）、审批流程（如单位备案记录），确认是否符合当时法律。
  
• 咨询单位人事部门：了解所在系统或地区对公务员持股的具体政策，明确是否需清理或调整。
  
• 谨慎处置股份：若需转让，优先选择公开市场或合规第三方，避免私下交易引发法律风险。
  

如有进一步疑问（如具体政策解读、股份转让流程），可直接向我咨询，我会结合您的持股背景提供针对性建议。