总公司一般可以申请代替已注销分公司申请执行，但需满足一定条件并履行相应程序。具体分析如下：

1. 分公司注销后的权利义务承继
   根据《公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。分公司注销后，其未实现的债权原则上由总公司承继。若分公司作为申请执行人时注销，总公司可基于权利义务承继关系，向法院申请变更申请执行人。

2. 申请变更申请执行人的程序
   总公司需向执行法院提交以下材料：

   • 分公司注销的证明文件（如工商注销登记通知书）；
     
   • 总公司承继分公司债权的证明（如公司内部决议、债权转让协议等）；
     
   • 申请变更申请执行人的书面申请书。
     法院审查后，若符合《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第十条，会裁定变更总公司为申请执行人。

3. 例外情形
   若分公司注销时，其债权已通过清算程序转让给第三方（如其他股东或债权人），则总公司无权再申请执行。此时需以受让方为申请执行人。

建议：总公司应先核查分公司注销时的清算报告及债权处理情况，确认自身是否为合法承继主体后，再向执行法院提交变更申请。如有复杂情况，可进一步向我咨询具体操作流程。