在分支公司工作，总公司代发工资的情况下，用工主体通常是分支公司，但具体还需根据实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
用工主体的一般认定原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用工主体是指与劳动者建立劳动关系，并承担相应权利和义务的单位。在大多数情况下，分支公司作为独立的经营实体，若其具备独立的用工权，且与劳动者签订了劳动合同，那么分支公司就是用工主体。
总公司代发工资的情况分析：
- 总公司代发工资并不直接决定用工主体的归属。代发工资可能出于多种原因，如财务集中管理、方便操作等。关键在于看分支公司是否具备独立的用工权，以及是否与劳动者建立了劳动关系。
- 如果分支公司虽然由总公司代发工资，但分支公司具备独立的用工权，且与劳动者签订了劳动合同，明确了双方的权利和义务，那么用工主体仍然是分支公司。
特殊情况下的用工主体认定：
- 如果分支公司不具备独立的用工权，或者其用工权受到总公司的严格限制，且劳动合同是与总公司签订的，那么在这种情况下，用工主体可能是总公司。
- 另外，如果分支公司未依法取得营业执照或者登记证书，但受总公司委托与劳动者订立劳动合同的，也可能根据具体情况认定总公司为用工主体。不过，这种情况较为特殊，且通常会有明确的委托关系证明。
法律建议：
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应明确用工主体，了解是与分支公司还是总公司建立劳动关系，以便在发生纠纷时能够准确主张自己的权益。
- 对于公司而言，无论是分支公司还是总公司，都应明确各自的用工权和责任，避免在用工过程中出现模糊地带，减少法律风险。
总结来说，在分支公司工作且由总公司代发工资的情况下，用工主体的认定需根据分支公司是否具备独立的用工权、是否与劳动者签订了劳动合同等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。