结论：运管部门在无证网约车被查且乘客未支付车费的情况下，是有权扣车的。

分析说明：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。这一规定明确了对于非法营运行为的处罚措施，包括扣车。

2. 运管部门的职权：

   • 运管部门作为道路运输管理的执法机构，负责查处非法营运行为。在发现无证网约车时，运管部门有权依法进行查处，包括扣留车辆、罚款等措施。乘客是否支付车费，并不影响运管部门对非法营运行为的认定和处罚。

3. 乘客未支付车费的情况：

   • 乘客未支付车费，这属于乘客与网约车司机之间的民事纠纷，与运管部门查处非法营运行为是两个独立的法律关系。运管部门在查处非法营运时，不会因为乘客未支付车费而放弃对非法营运行为的处罚，包括扣车。

后续建议：

• 对于网约车司机：如果车辆被运管部门扣留，应当积极配合运管部门的调查，并尽快办理相关的营运手续，以合法身份从事网约车运营。同时，也可以就乘客未支付车费的问题，通过法律途径向乘客追讨。

• 对于乘客：如果乘坐了无证网约车，虽然运管部门的查处不会直接影响乘客的权益，但乘客也应当意识到乘坐无证网约车可能存在的安全风险。建议乘客在选择网约车时，选择合法合规的网约车平台，以确保自身安全。

特殊情况说明：

• 如果网约车司机能够证明车辆被扣留是由于乘客的恶意行为（如故意不支付车费并举报）导致的，且这一行为与非法营运行为无直接关联，那么司机可以在配合运管部门调查的同时，向相关部门反映情况，寻求合理的解决方案。但这并不改变运管部门对非法营运行为的查处权力和扣车措施。

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