结论：洗浴中心被查时违法员工逃跑未被抓，是否会被判刑需根据具体情况判断。若员工行为构成犯罪，即使逃跑未被抓，后续仍可能被追诉并判刑；若不构成犯罪，则不会因逃跑行为本身被判刑。以下从不同角度详细分析：
一、构成犯罪的情况
犯罪行为的认定：
- 如果员工在洗浴中心从事的活动，如组织卖淫、协助组织卖淫、引诱、容留、介绍卖淫等，触犯了《中华人民共和国刑法》的相关规定，那么该员工就构成了犯罪。
逃跑的法律后果：
- 逃跑并不改变员工已经构成犯罪的事实。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，对于犯罪嫌疑人，公安机关有权进行追捕。
- 如果员工在逃跑过程中被抓获，或者后续被公安机关通过其他手段锁定身份并追诉，那么该员工将面临刑事审判，并可能根据犯罪情节被判处相应的刑罚，如有期徒刑、拘役、罚金等。
自首与立功：
- 如果员工在逃跑后能够主动投案自首，或者协助公安机关抓捕其他犯罪嫌疑人等立功表现，根据《中华人民共和国刑法》的规定，可以从轻或者减轻处罚。
二、不构成犯罪的情况
行为性质的判断：
- 如果员工在洗浴中心从事的活动并不构成犯罪，如仅仅是提供正常的洗浴服务，那么该员工就不会因逃跑行为本身而被判刑。
逃跑的民事或行政责任：
- 虽然逃跑行为本身不构成犯罪，但如果员工因此违反了与洗浴中心之间的劳动合同或者相关规章制度，可能需要承担相应的民事责任，如赔偿损失等。
- 如果员工的逃跑行为扰乱了社会秩序或者违反了治安管理规定，公安机关可能根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的规定，对其进行行政处罚，如罚款、拘留等。但这种处罚与刑事处罚是不同的，不会留下犯罪记录。
三、特殊情况考虑
证据收集与追诉时效：
- 公安机关在追诉犯罪时，需要收集足够的证据来证明员工的犯罪行为。如果证据不足或者已经超过追诉时效，那么员工可能不会被追诉。
- 根据《中华人民共和国刑法》的规定，犯罪经过一定期限后不再追诉。具体期限根据犯罪的性质和情节而定。
国际追逃与引渡：
- 如果员工逃往国外，那么追诉过程可能更加复杂。需要依据国际法和双边引渡条约等规定进行追逃和引渡。
建议：
- 如果您或您认识的人涉及此类情况，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律后果和应对策略。
- 逃跑并不是解决问题的办法，反而可能加重法律后果。如果确实存在违法行为，应主动配合公安机关的调查，争取从轻或者减轻处罚。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。