针对社会团体法人代表变更时原统一机构代码正本丢失，只有副本的情况，以下是一些具体的处理建议：

1. 立即报告与补办：

   • 报告相关部门：首先，应立即向颁发统一机构代码的机构（通常是市场监督管理部门或相关登记机关）报告正本丢失的情况，并说明正在进行法人代表变更的事宜。
   • 申请补办：根据该机构的要求，准备相关材料（如副本、法人代表身份证明、变更登记申请书等），申请补办统一机构代码正本。在补办过程中，需详细说明丢失原因，并承诺对丢失的正本承担相应责任。

2. 变更登记流程：

   • 提交副本作为证明：在法人代表变更登记时，虽然正本丢失，但副本作为官方认可的证明文件，通常可以作为有效证明提交给登记机关。同时，应附上补办申请的受理回执或相关证明，以说明正本正在补办中。
   • 遵循变更登记程序：按照登记机关的要求，完成法人代表变更登记的所有程序，包括填写变更登记申请书、提交相关证明文件、缴纳登记费用等。

3. 法律风险与防范：

   • 丢失正本的法律风险：统一机构代码正本作为社会团体的法定身份证明，其丢失可能带来一定的法律风险，如被他人冒用、用于非法活动等。因此，在补办过程中，应密切关注相关动态，及时采取措施防范风险。
   • 加强内部管理：为避免类似情况再次发生，社会团体应加强内部管理，完善文件保管制度，确保重要文件的安全与完整。

4. 特殊情况处理：

   • 若补办遇到困难：如果因特殊原因（如机构改革、系统升级等）导致补办流程受阻或时间延长，应及时与登记机关沟通，说明情况并寻求解决方案。必要时，可寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。
   • 考虑使用电子证书：随着数字化的发展，部分地区或机构可能已推行电子证书制度。如果社会团体所在地区或机构支持电子证书，可考虑申请电子版的统一机构代码证书，以作为正本的替代品。

在处理过程中，务必确保所有操作均符合相关法律法规的要求，并保留好所有相关证明文件和沟通记录。如果遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。