药店变更经营权时，员工辞退补偿金的计算需根据具体情况确定，主要分为以下两种情形：

1. 药店与员工协商一致解除劳动合同
   根据《劳动合同法》第四十六条，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，需支付经济补偿金。计算方式为：

   • 补偿标准：按员工在本单位工作的年限，每满1年支付1个月工资；6个月以上不满1年的，按1年计算；不满6个月的，支付半个月工资。
     
   • 月工资定义：指劳动合同解除前12个月的平均工资（含基本工资、奖金、津贴等），若月工资高于当地上年度职工月平均工资3倍的，按3倍计算，且补偿年限最高不超过12年。
     
   • 示例：员工工作5年，月工资8000元，则补偿金为5×8000=40000元。

2. 药店单方解除劳动合同（需合法理由）
   若药店因经营权变更后，以“客观情况发生重大变化”（如原药店注销、新主体不承继劳动关系）为由解除合同，需满足以下条件：

   • 程序合法：需提前30日书面通知员工或额外支付1个月工资（代通知金），并就变更内容与员工协商，协商不成方可解除。
     
   • 补偿标准：与协商解除一致，按工作年限支付经济补偿金。
     
   • 例外情形：若药店违法解除（如未协商直接辞退），员工可要求继续履行合同或主张赔偿金（经济补偿金的2倍）。

特殊情形说明：

• 经营权变更但劳动关系承继：若新经营主体同意承继原劳动关系（如股权转让、资产整体转让），则原劳动合同继续有效，药店无需支付补偿金。
  
• 员工主动离职：若员工因经营权变更主动提出离职，通常无补偿金，但若药店存在未及时支付工资、未缴社保等违法行为，员工可主张被迫解除并要求补偿。

建议行动：

1. 核实药店变更经营权的具体方式（如资产转让、股权转让等），确认劳动关系是否承继；
   
2. 保留劳动合同、工资记录、解除通知等证据；
   
3. 若对补偿金额有争议，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。