结论：判决书指定贪污款退回原单位后，原单位是否需要将贪污款上交财政，这主要取决于贪污款的性质、原单位的性质以及相关法律法规的具体规定，一般情况下，若原单位为国有单位或贪污款属于国有财产，则原单位通常需要将贪污款上交财政；若原单位非国有单位或相关法律法规无明确规定，则可能无需上交。以下是对此问题的详细分析：
一、贪污款的性质
贪污款通常指的是国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有的公共财物。这些财物在性质上往往属于国有财产或公共财产。如果贪污款确实属于国有财产，那么根据国有财产的管理规定，这些财产在追回后，通常需要上交财政，以确保国有财产的完整和安全。
二、原单位的性质
国有单位：如果原单位是国有单位，如国有企业、国有事业单位等，那么根据国有财产的管理规定，追回的贪污款很可能需要上交财政。这是因为国有单位的财产属于国家所有，其管理和使用必须遵循国家的相关规定。
非国有单位：如果原单位是非国有单位，如民营企业、外资企业等，那么追回的贪污款是否需要上交财政，则可能取决于相关法律法规的具体规定以及原单位与财政部门之间的约定。在一般情况下，非国有单位的财产不属于国家所有，因此其追回的贪污款可能无需上交财政，而是由原单位自行处理。
三、相关法律法规的规定
《中华人民共和国刑法》：该法规定了贪污罪的构成要件和刑罚，但并未直接规定追回的贪污款应如何处理。然而，根据该法的立法精神和目的，可以推断出追回的贪污款应当用于恢复被侵害的公共利益或国有财产的完整。
其他相关法律法规：除了刑法外，还可能存在其他与贪污款处理相关的法律法规，如《中华人民共和国国家赔偿法》、《中华人民共和国预算法》等。这些法律法规可能对追回的贪污款的处理方式、程序等作出具体规定。因此，在处理追回的贪污款时，需要仔细查阅相关法律法规，以确保处理方式的合法性和合规性。
四、实际操作中的考虑因素
在实际操作中，除了考虑贪污款的性质、原单位的性质以及相关法律法规的规定外，还需要考虑以下因素：
判决书的明确指示：如果判决书已经明确指示贪污款应退回原单位，并且未提及需要上交财政，那么原单位在收到贪污款后，可能无需再上交财政。然而，如果判决书或相关法律法规有明确规定需要上交财政，则原单位必须遵守。
财政部门的意见：在处理追回的贪污款时，原单位可以与财政部门进行沟通，了解财政部门的意见和要求。这有助于确保处理方式的合法性和合规性，并避免可能的法律风险。
建议：在处理此类问题时，原单位应仔细查阅相关法律法规和判决书的明确指示，并与财政部门进行沟通协商，以确保处理方式的合法性和合规性。如果对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。