合同中付款方式约定以房抵工程款，这通常不是一个完全独立的协议，而是原建设工程合同中的一个特别条款或补充条款。以下从几个角度进行详细分析：

1. 合同性质与构成：

   • 建设工程合同是双方就工程建设事项达成的协议，其中会明确工程范围、建设工期、工程质量、工程造价、技术资料交付时间、材料和设备的供应责任、拨款和结算、竣工验收、质量保修范围和质量保证期等条款。
   • 当合同中约定以房抵工程款时，这一条款实际上是双方对付款方式的一种特别约定，它构成了原合同的一部分，而非一个完全独立的协议。这种约定通常是为了解决工程款支付问题，特别是当发包方资金紧张时，通过以房产作为支付手段来履行其付款义务。

2. 法律效果与独立性：

   • 以房抵工程款的条款，在法律上通常被视为一种代物清偿协议，即债务人以他种给付代替其所负担的原给付，从而使债消灭。然而，这种代物清偿协议并不完全独立于原合同，而是依赖于原合同的存在和有效性。
   • 如果原建设工程合同无效或被撤销，那么以房抵工程款的条款也可能随之失效，因为该条款是原合同的一部分。此外，如果双方就以房抵工程款的具体实施（如房产的交付、过户等）产生争议，这些争议通常也会与原合同紧密相关，需要一并解决。

3. 实际操作与注意事项：

   • 在实际操作中，双方应明确以房抵工程款的具体条款，包括房产的详细信息（如位置、面积、产权状况等）、抵债金额、交付时间、过户手续等。这些条款应尽可能详细、明确，以避免后续产生争议。
   • 同时，双方还应注意遵守相关法律法规的规定，如房地产转让、抵押等的相关规定，确保以房抵工程款的合法性和有效性。如果涉及房产过户等手续，双方应按照相关规定办理，确保手续的合法性和完备性。

4. 可能的风险与防范：

   • 以房抵工程款虽然可以解决工程款支付问题，但也存在一定的风险。例如，如果房产存在产权纠纷或无法过户等问题，可能导致发包方无法履行其付款义务，从而给承包方带来损失。
   • 为了防范这些风险，双方可以在合同中约定相应的违约责任和赔偿条款，明确在房产无法交付或过户等情况下发包方应承担的责任和赔偿方式。同时，承包方在接受以房抵工程款时，也应对房产进行充分的调查和了解，确保其产权清晰、无纠纷且符合过户条件。

综上所述，合同中付款方式约定以房抵工程款通常不是完全独立的协议，而是原建设工程合同中的一个特别条款或补充条款。双方在约定这一条款时，应明确其具体内容、遵守相关法律法规的规定，并注意防范可能的风险。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。