合作办学企业擅自收费属于违法行为，可通过协商、投诉举报、法律诉讼等途径处理。以下从不同角度详细分析处理方式：
- 协商解决
- 首先，尝试与合作办学企业进行友好协商。向企业明确指出其擅自收费的行为违反了相关法律法规以及双方的合作协议（如果有的话），要求其立即停止违规收费行为，并退还已收取的不合理费用。在协商过程中，要注意保留好沟通记录，如聊天记录、邮件往来等，以备后续可能需要的证据使用。
- 投诉举报
- 向教育主管部门投诉：合作办学涉及教育领域，教育主管部门对其有监管职责。可以向当地的教育局或相关教育管理机构反映企业擅自收费的情况，提供详细的证据材料，如收费凭证、合作协议、沟通记录等。教育主管部门会根据情况进行调查核实，并对违规企业进行相应的行政处罚，如责令整改、罚款等。
- 向市场监管部门举报：如果企业的收费行为涉嫌违反市场监管方面的法律法规，如不正当竞争、价格违法等，可以向当地的市场监督管理局进行举报。市场监管部门会对企业的收费行为进行审查，若查实存在违法行为，会依法予以处罚，包括没收违法所得、罚款、吊销营业执照等。
- 法律诉讼
- 民事诉讼：如果通过协商和投诉举报无法解决问题，可以考虑向法院提起民事诉讼。以合作办学企业为被告，要求其返还擅自收取的费用，并赔偿因违规收费行为给己方造成的损失，如因支付不合理费用而产生的利息损失、因企业违规行为导致的业务中断损失等。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明企业的违规收费行为以及己方所遭受的损失，如收费凭证、合作协议、损失计算依据等。
- 行政诉讼：如果对教育主管部门或市场监管部门等行政机关作出的行政处罚决定不服，认为其处罚不当或侵犯了己方的合法权益，可以在法定期限内向法院提起行政诉讼，要求法院撤销或变更行政处罚决定。在行政诉讼中，需要提供证据证明行政机关的行政行为违法或不当，如行政处罚决定书、相关证据材料等。