结论：在符合一定条件下，您方的商业险可以偿还对方受伤申请的道路救援基金垫付的医疗费。以下从不同角度进行分析：

1. 道路救援基金的性质与垫付规则
   道路交通事故社会救助基金（即“道路救援基金”）是为及时救助交通事故中受伤害人员而设立的专项基金，其垫付范围通常包括抢救费用、丧葬费用等。根据《道路交通事故社会救助基金管理办法》规定，基金垫付后，有权向交通事故责任方追偿。若您方被认定为事故责任方，则需承担偿还义务。

2. 商业险的赔偿范围与责任承担
   商业险（如第三者责任险）的赔偿范围通常包括因交通事故导致第三方人身伤亡或财产损失的合理费用。若对方申请的道路救援基金垫付的医疗费属于合理抢救费用，且您方商业险合同未明确排除此类赔偿，则保险公司应在保险责任限额内承担赔偿责任。此时，您方可通过商业险理赔偿还基金垫付的医疗费。

3. 实际操作中的关键点

   • 责任认定：需以交警部门出具的《交通事故责任认定书》为准，明确您方是否承担事故责任及责任比例。
     
   • 费用合理性：基金垫付的医疗费需符合当地医疗收费标准，且与事故伤情直接相关。若存在过度医疗或无关费用，保险公司可能拒赔。
     
   • 理赔流程：您方需及时向保险公司报案，并提交基金垫付凭证、医疗费用清单等材料，配合保险公司完成理赔审核。

4. 例外情形
   若您方商业险存在以下情形，可能影响偿还：

   • 保险合同中明确约定“不承担道路救援基金垫付费用的赔偿”；
     
   • 事故属于保险免责范围（如酒驾、无证驾驶等）；
     
   • 基金垫付费用超出商业险责任限额。

建议：

• 立即联系保险公司，确认商业险合同条款及理赔范围；
  
• 保留基金垫付凭证、医疗费用清单等证据；
  
• 若保险公司拒赔或理赔金额不足，可依法通过诉讼主张权利。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细解答。