被撞人申请了道路救助基金，你的商业险仍会进行赔偿，但赔偿金额可能会相应减少。下面我将对此进行详细分析：
一. 道路救助基金与商业险的赔偿关系
道路救助基金的性质：道路救助基金是一种由政府设立的，用于垫付机动车道路交通事故中受害人人身伤亡的丧葬费用、部分或者全部抢救费用的社会专项基金。其目的是为了保障受害人能够及时得到救治，减轻因交通事故带来的经济负担。
商业险的赔偿责任：商业险，特别是第三者责任险，是车主为了转移因交通事故可能产生的经济赔偿责任而购买的保险。当被保险车辆发生交通事故，对第三者造成人身伤害或财产损失时，保险公司会根据保险合同的约定进行赔偿。
两者的关系：道路救助基金的垫付并不免除事故责任方的赔偿责任。也就是说，即使被撞人申请了道路救助基金并获得了垫付，事故责任方（及其保险公司）仍然需要对受害人进行赔偿。但赔偿时，会考虑已经由道路救助基金垫付的部分，以避免重复赔偿。
二. 赔偿流程与注意事项
赔偿流程：通常，当交通事故发生后，受害人会先向道路救助基金申请垫付。随后，事故责任方（或其保险公司）会根据事故责任认定和损失情况，对受害人进行赔偿。在赔偿时，会扣除已经由道路救助基金垫付的部分。
注意事项：作为事故责任方，你需要及时与保险公司沟通，明确赔偿流程和注意事项。同时，也要确保受害人能够获得及时、足额的赔偿，以维护其合法权益。
综上所述，被撞人申请了道路救助基金并不会影响你的商业险进行赔偿。但赔偿金额会相应减少，以扣除已经由道路救助基金垫付的部分。如有进一步需要，您可以继续咨询我。