结论：保险仅报销3000元是否合法，需结合保险合同条款、事故责任划分及是否存在免赔情形综合判断，以下分情况说明：

1. 若保险合同明确约定免赔率或免赔额
   例如合同中规定“每次事故绝对免赔额为1000元”，或“被保险人负次要责任时免赔率5%”，则保险公司按约定仅报销3000元（4000元-免赔部分）属于合法行为。此时需核对合同条款，确认免赔规则是否生效。

2. 若事故责任比例导致报销金额降低
   根据《道路交通安全法》及保险条款，若您在事故中负次要责任（如30%责任），对方车辆定损4000元中，您方保险公司可能仅需承担30%即1200元，剩余部分由对方保险公司或责任方承担。但若您购买了“车损险不计免赔”等附加险，则可能全额报销。需结合责任划分和险种分析。

3. 若保险公司存在不合理拒赔或缩赔
   若合同无免赔约定，且您已足额投保（如车损险保额覆盖4000元损失），保险公司仅报销3000元可能涉嫌违法。常见情形包括：

   • 保险公司以“未及时报案”“未提供完整材料”等理由拒赔，但未尽到明确告知义务；
     
   • 故意低估损失金额，或对合同条款作不利于投保人的解释。
     此时可通过投诉、协商或诉讼主张权利。

建议行动步骤：

1. 立即核对保险合同条款，重点查看“赔偿处理”“免赔条款”章节；
   
2. 联系保险公司要求书面说明报销金额的计算依据；
   
3. 若对解释不满，可向当地银保监会投诉（12378热线）或通过诉讼解决。
   

如有进一步细节（如事故责任认定书、保险合同关键条款），可向我提供，我将为您具体分析。