在交通肇事刑事案件中，关于您提出的“有谅解书、保险赔了，检察院作不起诉是否就没有案底”的问题，这需要我们从多个方面进行详细分析。

首先，我们要明确的是，交通肇事罪属于公诉案件，其举证责任在公诉机关，即检察院。这意味着，即使肇事者已经赔偿并取得了受害者或其家属的谅解书，也不能直接决定检察院是否起诉。谅解书在法律上具有一定的效力，它体现了肇事者对错误的深刻认识和诚挚的忏悔，是量刑时的一个重要从轻情节，但并不能保证肇事者一定不会被起诉。

接下来，我们来看检察院决定是否起诉的依据。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，检察院在决定是否起诉时，会综合考虑案件的所有相关因素，包括但不限于犯罪情节、犯罪嫌疑人的态度（如自首、立功）、对社会的危害程度以及是否取得谅解书等。如果犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。然而，这并不意味着只要取得谅解书就一定可以不起诉，因为检察院还需要综合考虑案件的整体情况。

现在，我们回到您的问题本身。如果检察院在综合考虑了所有相关因素后，决定对肇事者不起诉，那么在法律上，肇事者将不会留下刑事犯罪的案底。因为不起诉决定意味着检察院认为肇事者的行为不构成犯罪或者不需要追究刑事责任，因此不会将其记录在刑事犯罪档案中。

但是，我们也需要明确一点，即使检察院不起诉，肇事者也可能需要承担其他法律责任。例如，根据交通管理法规，肇事者可能需要接受行政处罚，如罚款、吊销驾驶证等。此外，如果肇事者与受害者或其家属达成了民事赔偿协议，那么肇事者还需要履行相应的民事赔偿责任。

最后，我想强调的是，在处理此类案件时，肇事者应当积极赔偿损失并真诚悔罪，以争取受害方的谅解。这有助于在量刑时获得从轻处罚，也可能增加检察院作出不起诉决定的可能性。同时，肇事者也应当了解法律程序和规定，配合调查取证工作，并尊重检察院和法院的判决结果。

综上所述，虽然谅解书和保险赔偿在交通肇事案件中是一个重要的考量因素，但它们并不能保证肇事者一定不会被起诉或留下案底。具体的法律后果还需根据案件的具体情况和相关法律规定来判断。