结论：工厂制度本身不能成为保护组长与员工吵架这一不当行为的合法依据。若组长与员工吵架的行为违反了法律法规或侵害了员工的合法权益，组长仍需承担相应的法律责任。
分析说明：
从工厂制度的角度：
- 工厂制度通常是为了维护工厂的正常运营秩序、保障员工权益和促进团队合作而制定的。合理的工厂制度应当鼓励员工之间的和谐沟通，禁止任何形式的侮辱、诽谤或攻击行为。
- 如果工厂制度中存在保护组长不当行为（如与员工吵架）的条款，这样的条款很可能是无效的，因为它违反了法律法规的基本原则，如尊重人格尊严、禁止侮辱和诽谤等。
从法律法规的角度：
- 民事侵权层面：组长与员工吵架，若言语过激，可能构成对员工名誉权的侵害。员工有权要求组长停止侵害、恢复名誉、消除影响、赔礼道歉，并在必要时要求赔偿精神损失。
- 劳动法规层面：劳动法律法规保障劳动者在工作场所的尊严与尊重。组长的吵架行为若严重影响员工的工作环境和心理健康，即视为对劳动者权益的侵害。员工可依据《劳动合同法》等法规向用人单位反映，要求采取措施制止并处理该行为。若用人单位未予妥善处理，员工有权解除劳动合同并要求经济补偿。
- 治安管理处罚层面：若组长的吵架行为情节严重，如公然侮辱、诽谤员工，造成较大影响，或引发员工精神严重受损，员工可向公安机关报案。公安机关根据情节轻重，可对组长处以警告、罚款、拘留等治安处罚。
实际操作建议：
- 员工在遇到组长与自己吵架时，应首先保持冷静，尽量收集证据，如现场证人证言、视听资料等，以证明组长的行为不当。
- 通过合法途径维护自身权益，可先与组长沟通解决，若无果则向用人单位反映，要求用人单位依据工厂制度和法律法规进行处理。
- 若用人单位未予妥善处理或处理不当，员工可寻求法律援助，如向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
总结：
工厂制度不能成为保护组长与员工吵架这一不当行为的合法依据。组长与员工吵架的行为若违反了法律法规或侵害了员工的合法权益，组长仍需承担相应的法律责任。员工在遇到此类情况时，应保持冷静，收集证据，并通过合法途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。